BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-mature.fasta
           2,588 sequences; 55,870 total letters



Query= GGCACAGTCGTAGAGAGGGGGCGGGGCGGCCATTGGGGCTCCTCATTG

Length=48
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[51910]hsa-miR-6089  MIMAT0023714 Homo sapiens miR-6089               23.3    0.088
[35590]hsa-miR-1237-5p  MIMAT0022946 Homo sapiens miR-1237-5p         21.4    0.32 


>[51910]hsa-miR-6089 MIMAT0023714 Homo sapiens miR-6089 
Length=24

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.088
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  18  GGGGCGGGGCGG  29
           ||||||||||||
Sbjct  13  GGGGCGGGGCGG  24


>[35590]hsa-miR-1237-5p MIMAT0022946 Homo sapiens miR-1237-5p 
Length=21

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  17  GGGGGCGGGGC  27
           |||||||||||
Sbjct  2   GGGGGCGGGGC  12



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 893304


  Database: homo-mature.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 55,870
  Number of sequences in database:  2,588



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5