BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-mature.fasta
           2,588 sequences; 55,870 total letters



Query= GCAGAGGCTGAAGAGGGTGGGGAAGCAGGGGAGCTGTGCGTGTGTCGGGGCGGGTGGAACCTTAGCGG
ACCCTGGGAGGA

Length=80
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[46811]hsa-miR-3680-3p  MIMAT0018107 Homo sapiens miR-3680-3p         21.4    0.53 
[44424]hsa-miR-3141  MIMAT0015010 Homo sapiens miR-3141               21.4    0.53 
[34762]hsa-miR-920  MIMAT0004970 Homo sapiens miR-920                 21.4    0.53 
[29900]hsa-miR-370-3p  MIMAT0000722 Homo sapiens miR-370-3p           21.4    0.53 
[29137]hsa-miR-210-3p  MIMAT0000267 Homo sapiens miR-210-3p           21.4    0.53 


>[46811]hsa-miR-3680-3p MIMAT0018107 Homo sapiens miR-3680-3p 
Length=23

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.53
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  68  GACCCTGGGAG  78
           |||||||||||
Sbjct  9   GACCCTGGGAG  19


>[44424]hsa-miR-3141 MIMAT0015010 Homo sapiens miR-3141 
Length=19

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.53
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  48  GGGCGGGTGGA  58
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGCGGGTGGA  13


>[34762]hsa-miR-920 MIMAT0004970 Homo sapiens miR-920 
Length=20

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.53
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  28  GGGGAGCTGTG  38
           |||||||||||
Sbjct  1   GGGGAGCTGTG  11


>[29900]hsa-miR-370-3p MIMAT0000722 Homo sapiens miR-370-3p 
Length=22

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.53
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  52  GGGTGGAACCT  62
           |||||||||||
Sbjct  9   GGGTGGAACCT  19


>[29137]hsa-miR-210-3p MIMAT0000267 Homo sapiens miR-210-3p 
Length=22

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.53
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  34  CTGTGCGTGTG  44
           |||||||||||
Sbjct  1   CTGTGCGTGTG  11



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 1489142


  Database: homo-mature.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 55,870
  Number of sequences in database:  2,588



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5