BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-mature.fasta
           2,588 sequences; 55,870 total letters



Query= CGGACTACATTTTCCAGAAGGCACTGCGGGCACGCTTCCTGCCTGGTCGGCCTGAAGGGAAGGGCCAA
TCCCTGAGTATCTCGGGAAGGAGGTGTCCGGAGCCGCG

Length=106
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[49206]hsa-miR-5088-5p  MIMAT0021080 Homo sapiens miR-5088-5p         23.3    0.20 
[35895]hsa-miR-513c-5p  MIMAT0005789 Homo sapiens miR-513c-5p         21.4    0.73 
[35893]hsa-miR-513b-5p  MIMAT0005788 Homo sapiens miR-513b-5p         21.4    0.73 
[35647]hsa-miR-1250-3p  MIMAT0026740 Homo sapiens miR-1250-3p         21.4    0.73 
[32640]hsa-miR-518e-3p  MIMAT0002861 Homo sapiens miR-518e-3p         21.4    0.73 


>[49206]hsa-miR-5088-5p MIMAT0021080 Homo sapiens miR-5088-5p 
Length=24

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.20
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  65  CCAATCCCTGAG  76
           ||||||||||||
Sbjct  17  CCAATCCCTGAG  6


>[35895]hsa-miR-513c-5p MIMAT0005789 Homo sapiens miR-513c-5p 
Length=22

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.73
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  86  AAGGAGGTGTC  96
           |||||||||||
Sbjct  6   AAGGAGGTGTC  16


>[35893]hsa-miR-513b-5p MIMAT0005788 Homo sapiens miR-513b-5p 
Length=22

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.73
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  86  AAGGAGGTGTC  96
           |||||||||||
Sbjct  6   AAGGAGGTGTC  16


>[35647]hsa-miR-1250-3p MIMAT0026740 Homo sapiens miR-1250-3p 
Length=19

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.73
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  7   ACATTTTCCAG  17
           |||||||||||
Sbjct  1   ACATTTTCCAG  11


>[32640]hsa-miR-518e-3p MIMAT0002861 Homo sapiens miR-518e-3p 
Length=21

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.73
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  52  CTGAAGGGAAG  62
           |||||||||||
Sbjct  17  CTGAAGGGAAG  7



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 2067018


  Database: homo-mature.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 55,870
  Number of sequences in database:  2,588



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5