BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-mature.fasta
           2,588 sequences; 55,870 total letters



Query= ACTCTCCTTGGGGTTTGGGGGCTTGACCTGGGTGCGCTTTCTG

Length=43
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[54556]hsa-miR-6855-5p  MIMAT0027610 Homo sapiens miR-6855-5p         25.1    0.021
[35579]hsa-miR-1229-5p  MIMAT0022942 Homo sapiens miR-1229-5p         21.4    0.27 


>[54556]hsa-miR-6855-5p MIMAT0027610 Homo sapiens miR-6855-5p 
Length=25

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.021
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  8   TTGGGGTTTGGGG  20
           |||||||||||||
Sbjct  1   TTGGGGTTTGGGG  13


>[35579]hsa-miR-1229-5p MIMAT0022942 Homo sapiens miR-1229-5p 
Length=24

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.27
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  11  GGGTTTGGGGG  21
           |||||||||||
Sbjct  8   GGGTTTGGGGG  18



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 769234


  Database: homo-mature.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 55,870
  Number of sequences in database:  2,588



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5