BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-mature.fasta
           2,588 sequences; 55,870 total letters



Query= ACCTTAGCGGACCCTGGGAGGAGGCTCCCCG

Length=31
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[46811]hsa-miR-3680-3p  MIMAT0018107 Homo sapiens miR-3680-3p         23.3    0.046
[55066]hsa-miR-7111-3p  MIMAT0028120 Homo sapiens miR-7111-3p         21.4    0.17 
[34593]hsa-miR-877-3p  MIMAT0004950 Homo sapiens miR-877-3p           21.4    0.17 


>[46811]hsa-miR-3680-3p MIMAT0018107 Homo sapiens miR-3680-3p 
Length=23

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.046
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  10  GACCCTGGGAGGAGG  24
           ||||||||||| |||
Sbjct  9   GACCCTGGGAGTAGG  23


>[55066]hsa-miR-7111-3p MIMAT0028120 Homo sapiens miR-7111-3p 
Length=22

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.17
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  14  CTGGGAGGAGG  24
           |||||||||||
Sbjct  22  CTGGGAGGAGG  12


>[34593]hsa-miR-877-3p MIMAT0004950 Homo sapiens miR-877-3p 
Length=21

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.17
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  14  CTGGGAGGAGG  24
           |||||||||||
Sbjct  21  CTGGGAGGAGG  11



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 471466


  Database: homo-mature.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 55,870
  Number of sequences in database:  2,588



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5