BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= TTGTTTTATTTTAATTT

Length=17
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[452]hsa-mir-186  MI0000483 Homo sapiens miR-186 stem-loop            23.3    0.065
[16293]hsa-mir-4999  MI0017865 Homo sapiens miR-4999 stem-loop        21.4    0.23 
[14442]hsa-mir-3606  MI0015996 Homo sapiens miR-3606 stem-loop        21.4    0.23 
[3407]hsa-mir-620  MI0003634 Homo sapiens miR-620 stem-loop           21.4    0.23 
[3351]hsa-mir-570  MI0003577 Homo sapiens miR-570 stem-loop           21.4    0.23 
[3334]hsa-mir-553  MI0003558 Homo sapiens miR-553 stem-loop           21.4    0.23 


>[452]hsa-mir-186 MI0000483 Homo sapiens miR-186 stem-loop
Length=86

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.065
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  3   GTTTTATTTTAA  14
           ||||||||||||
Sbjct  42  GTTTTATTTTAA  53


>[16293]hsa-mir-4999 MI0017865 Homo sapiens miR-4999 stem-loop
Length=91

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.23
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  2   TGTTTTATTTT  12
           |||||||||||
Sbjct  15  TGTTTTATTTT  5


>[14442]hsa-mir-3606 MI0015996 Homo sapiens miR-3606 stem-loop
Length=63

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.23
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  7   TATTTTAATTT  17
           |||||||||||
Sbjct  27  TATTTTAATTT  37


>[3407]hsa-mir-620 MI0003634 Homo sapiens miR-620 stem-loop
Length=95

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.23
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  1   TTGTTTTATTT  11
           |||||||||||
Sbjct  87  TTGTTTTATTT  77


>[3351]hsa-mir-570 MI0003577 Homo sapiens miR-570 stem-loop
Length=97

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.23
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  6   TTATTTTAATT  16
           |||||||||||
Sbjct  48  TTATTTTAATT  58


>[3334]hsa-mir-553 MI0003558 Homo sapiens miR-553 stem-loop
Length=68

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.23
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  4   TTTTATTTTAA  14
           |||||||||||
Sbjct  7   TTTTATTTTAA  17



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 657150


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5