BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GTTTGGGGGCTTGACCTGGGTGCGCTTTCTGGACAGACTTTACAGCCCCGGGGGCACAGTCGTAGA

Length=66
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[14506]hsa-mir-3661  MI0016062 Homo sapiens miR-3661 stem-loop        21.4    2.3  
[4581]hsa-mir-922  MI0005714 Homo sapiens miR-922 stem-loop           21.4    2.3  


>[14506]hsa-mir-3661 MI0016062 Homo sapiens miR-3661 stem-loop
Length=96

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  10  CTTGACCTGGG  20
           |||||||||||
Sbjct  19  CTTGACCTGGG  29


>[4581]hsa-mir-922 MI0005714 Homo sapiens miR-922 stem-loop
Length=81

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  51  GGGGCACAGTC  61
           |||||||||||
Sbjct  48  GGGGCACAGTC  38



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 6415137


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5