BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GTGAGCAGAGGCTGAAGAGGGTGGGGAAGCAGGG

Length=34
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20922]hsa-mir-6884  MI0022731 Homo sapiens miR-6884 stem-loop        23.3    0.25 
[15329]hsa-mir-4525  MI0016892 Homo sapiens miR-4525 stem-loop        23.3    0.25 
[20915]hsa-mir-6877  MI0022724 Homo sapiens miR-6877 stem-loop        21.4    0.90 
[16298]hsa-mir-5004  MI0017870 Homo sapiens miR-5004 stem-loop        21.4    0.90 
[14867]hsa-mir-3150b  MI0016426 Homo sapiens miR-3150b stem-loop      21.4    0.90 
[14533]hsa-mir-3691  MI0016092 Homo sapiens miR-3691 stem-loop        21.4    0.90 
[14497]hsa-mir-3653  MI0016053 Homo sapiens miR-3653 stem-loop        21.4    0.90 


>[20922]hsa-mir-6884 MI0022731 Homo sapiens miR-6884 stem-loop
Length=78

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.25
 Identities = 17/19 (89%), Gaps = 1/19 (5%)
 Strand=Plus/Plus

Query  5   GCAGAGGCTGAAGAGGGTG  23
           ||||||||||| || ||||
Sbjct  4   GCAGAGGCTGA-GAAGGTG  21


>[15329]hsa-mir-4525 MI0016892 Homo sapiens miR-4525 stem-loop
Length=75

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.25
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  18  AGGGTGGGGAAG  29
           ||||||||||||
Sbjct  72  AGGGTGGGGAAG  61


>[20915]hsa-mir-6877 MI0022724 Homo sapiens miR-6877 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.90
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  5   GCAGAGGCTGA  15
           |||||||||||
Sbjct  49  GCAGAGGCTGA  39


>[16298]hsa-mir-5004 MI0017870 Homo sapiens miR-5004 stem-loop
Length=107

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.90
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  5   GCAGAGGCTGA  15
           |||||||||||
Sbjct  54  GCAGAGGCTGA  64


>[14867]hsa-mir-3150b MI0016426 Homo sapiens miR-3150b stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.90
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  23  GGGGAAGCAGG  33
           |||||||||||
Sbjct  84  GGGGAAGCAGG  74


>[14533]hsa-mir-3691 MI0016092 Homo sapiens miR-3691 stem-loop
Length=90

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.90
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  17  GAGGGTGGGGA  27
           |||||||||||
Sbjct  46  GAGGGTGGGGA  56


>[14497]hsa-mir-3653 MI0016053 Homo sapiens miR-3653 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.90
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  22   TGGGGAAGCAG  32
            |||||||||||
Sbjct  106  TGGGGAAGCAG  96



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 2553360


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5