BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GTGAGCAGAGGCTGAAGAGGGTGGGG

Length=26
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20922]hsa-mir-6884  MI0022731 Homo sapiens miR-6884 stem-loop        23.3    0.17 
[20915]hsa-mir-6877  MI0022724 Homo sapiens miR-6877 stem-loop        21.4    0.59 
[16298]hsa-mir-5004  MI0017870 Homo sapiens miR-5004 stem-loop        21.4    0.59 


>[20922]hsa-mir-6884 MI0022731 Homo sapiens miR-6884 stem-loop
Length=78

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.17
 Identities = 17/19 (89%), Gaps = 1/19 (5%)
 Strand=Plus/Plus

Query  5   GCAGAGGCTGAAGAGGGTG  23
           ||||||||||| || ||||
Sbjct  4   GCAGAGGCTGA-GAAGGTG  21


>[20915]hsa-mir-6877 MI0022724 Homo sapiens miR-6877 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.59
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  5   GCAGAGGCTGA  15
           |||||||||||
Sbjct  49  GCAGAGGCTGA  39


>[16298]hsa-mir-5004 MI0017870 Homo sapiens miR-5004 stem-loop
Length=107

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.59
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  5   GCAGAGGCTGA  15
           |||||||||||
Sbjct  54  GCAGAGGCTGA  64



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 1684137


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5