BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GTCGTAGAGAGGGGGCGGGGCGGCCATTGGGGCTCCTCATTGGGGTGCTTGGGGCGCACCCCATCGGG
TACCGGGCGTCCCGGAATTGTG

Length=90
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[24070]hsa-mir-8078  MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop        28.8    0.020
[20822]hsa-mir-6786  MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop        27.0    0.072
[12735]hsa-mir-3196  MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop        27.0    0.072
[23677]hsa-mir-7851  MI0025521 Homo sapiens miR-7851 stem-loop        25.1    0.26 
[21734]hsa-mir-6089-2  MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop    23.3    0.93 
[21150]hsa-mir-7108  MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop        23.3    0.93 
[18624]hsa-mir-6089-1  MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop    23.3    0.93 
[3427]hsa-mir-639  MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop           23.3    0.93 
[20887]hsa-mir-6850  MI0022696 Homo sapiens miR-6850 stem-loop        21.4    3.3  
[20825]hsa-mir-6789  MI0022634 Homo sapiens miR-6789 stem-loop        21.4    3.3  
[20821]hsa-mir-6785  MI0022630 Homo sapiens miR-6785 stem-loop        21.4    3.3  
[18625]hsa-mir-6090  MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop        21.4    3.3  
[15812]hsa-mir-4741  MI0017379 Homo sapiens miR-4741 stem-loop        21.4    3.3  
[15286]hsa-mir-4488  MI0016849 Homo sapiens miR-4488 stem-loop        21.4    3.3  
[14360]hsa-mir-500b  MI0015903 Homo sapiens miR-500b stem-loop        21.4    3.3  
[14348]hsa-mir-4285  MI0015891 Homo sapiens miR-4285 stem-loop        21.4    3.3  
[5171]hsa-mir-1237  MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop         21.4    3.3  
[2966]hsa-mir-502  MI0003186 Homo sapiens miR-502 stem-loop           21.4    3.3  
[2964]hsa-mir-500a  MI0003184 Homo sapiens miR-500a stem-loop         21.4    3.3  


>[24070]hsa-mir-8078 MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop
Length=84

 Score = 28.8 bits (15),  Expect = 0.020
 Identities = 15/15 (100%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  9   GAGGGGGCGGGGCGG  23
           |||||||||||||||
Sbjct  16  GAGGGGGCGGGGCGG  2


>[20822]hsa-mir-6786 MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop
Length=113

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.072
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  12  GGGGCGGGGCGGCC  25
           ||||||||||||||
Sbjct  8   GGGGCGGGGCGGCC  21


>[12735]hsa-mir-3196 MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop
Length=64

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.072
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  11  GGGGGCGGGGCGGC  24
           ||||||||||||||
Sbjct  5   GGGGGCGGGGCGGC  18


>[23677]hsa-mir-7851 MI0025521 Homo sapiens miR-7851 stem-loop
Length=160

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.26
 Identities = 15/16 (94%), Gaps = 0/16 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  9   GAGGGGGCGGGGCGGC  24
           |||||||||||| |||
Sbjct  28  GAGGGGGCGGGGAGGC  13


>[21734]hsa-mir-6089-2 MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop
Length=64

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.93
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  12  GGGGCGGGGCGG  23
           ||||||||||||
Sbjct  51  GGGGCGGGGCGG  62


>[21150]hsa-mir-7108 MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.93
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  12  GGGGCGGGGCGG  23
           ||||||||||||
Sbjct  55  GGGGCGGGGCGG  44


>[18624]hsa-mir-6089-1 MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop
Length=64

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.93
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  12  GGGGCGGGGCGG  23
           ||||||||||||
Sbjct  51  GGGGCGGGGCGG  62


>[3427]hsa-mir-639 MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop
Length=98

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.93
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  12  GGGGCGGGGCGG  23
           ||||||||||||
Sbjct  28  GGGGCGGGGCGG  39


>[20887]hsa-mir-6850 MI0022696 Homo sapiens miR-6850 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  71  CCGGGCGTCCC  81
           |||||||||||
Sbjct  42  CCGGGCGTCCC  32


>[20825]hsa-mir-6789 MI0022634 Homo sapiens miR-6789 stem-loop
Length=98

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  73  GGGCGTCCCGG  83
           |||||||||||
Sbjct  9   GGGCGTCCCGG  19


>[20821]hsa-mir-6785 MI0022630 Homo sapiens miR-6785 stem-loop
Length=81

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  28  TGGGGCTCCTC  38
           |||||||||||
Sbjct  41  TGGGGCTCCTC  31


>[18625]hsa-mir-6090 MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop
Length=60

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  12  GGGGCGGGGCG  22
           |||||||||||
Sbjct  50  GGGGCGGGGCG  60


>[15812]hsa-mir-4741 MI0017379 Homo sapiens miR-4741 stem-loop
Length=90

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  13  GGGCGGGGCGG  23
           |||||||||||
Sbjct  2   GGGCGGGGCGG  12


>[15286]hsa-mir-4488 MI0016849 Homo sapiens miR-4488 stem-loop
Length=62

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  13  GGGCGGGGCGG  23
           |||||||||||
Sbjct  62  GGGCGGGGCGG  52


>[14360]hsa-mir-500b MI0015903 Homo sapiens miR-500b stem-loop
Length=79

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  5   TAGAGAGGGGG  15
           |||||||||||
Sbjct  11  TAGAGAGGGGG  1


>[14348]hsa-mir-4285 MI0015891 Homo sapiens miR-4285 stem-loop
Length=85

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  14  GGCGGGGCGGC  24
           |||||||||||
Sbjct  5   GGCGGGGCGGC  15


>[5171]hsa-mir-1237 MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop
Length=102

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  11  GGGGGCGGGGC  21
           |||||||||||
Sbjct  51  GGGGGCGGGGC  61


>[2966]hsa-mir-502 MI0003186 Homo sapiens miR-502 stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  5   TAGAGAGGGGG  15
           |||||||||||
Sbjct  15  TAGAGAGGGGG  5


>[2964]hsa-mir-500a MI0003184 Homo sapiens miR-500a stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  5   TAGAGAGGGGG  15
           |||||||||||
Sbjct  14  TAGAGAGGGGG  4



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 9434025


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5