BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GTCGGGGCGGGTGGAACCTTAGCGGACCCTGGGAGGAGGCTCCCCGG

Length=47
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20789]hsa-mir-6753  MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop        25.1    0.11 
[17514]hsa-mir-3680-2  MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop    23.3    0.41 
[14522]hsa-mir-3680-1  MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop    23.3    0.41 
[21153]hsa-mir-7111  MI0022962 Homo sapiens miR-7111 stem-loop        21.4    1.5  
[21148]hsa-mir-7106  MI0022957 Homo sapiens miR-7106 stem-loop        21.4    1.5  
[20800]hsa-mir-6764  MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop        21.4    1.5  
[12663]hsa-mir-3141  MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop        21.4    1.5  
[4446]hsa-mir-877  MI0005561 Homo sapiens miR-877 stem-loop           21.4    1.5  
[732]hsa-mir-370  MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop            21.4    1.5  


>[20789]hsa-mir-6753 MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop
Length=164

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.11
 Identities = 28/34 (82%), Gaps = 6/34 (18%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3    CGG-GGCGGGTGGAACCTT-AGCGGACCCTGGGA  34
            ||| |||||| ||  |||| || |||||||||||
Sbjct  135  CGGTGGCGGG-GG--CCTTCAG-GGACCCTGGGA  106


>[17514]hsa-mir-3680-2 MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.41
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  25  GACCCTGGGAGGAGG  39
           ||||||||||| |||
Sbjct  58  GACCCTGGGAGTAGG  72


>[14522]hsa-mir-3680-1 MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.41
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  25  GACCCTGGGAGGAGG  39
           ||||||||||| |||
Sbjct  58  GACCCTGGGAGTAGG  72


>[21153]hsa-mir-7111 MI0022962 Homo sapiens miR-7111 stem-loop
Length=72

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  29  CTGGGAGGAGG  39
           |||||||||||
Sbjct  72  CTGGGAGGAGG  62


>[21148]hsa-mir-7106 MI0022957 Homo sapiens miR-7106 stem-loop
Length=65

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  29  CTGGGAGGAGG  39
           |||||||||||
Sbjct  5   CTGGGAGGAGG  15


>[20800]hsa-mir-6764 MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  25  GACCCTGGGAG  35
           |||||||||||
Sbjct  15  GACCCTGGGAG  5


>[12663]hsa-mir-3141 MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  5   GGGCGGGTGGA  15
           |||||||||||
Sbjct  12  GGGCGGGTGGA  22


>[4446]hsa-mir-877 MI0005561 Homo sapiens miR-877 stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  29  CTGGGAGGAGG  39
           |||||||||||
Sbjct  86  CTGGGAGGAGG  76


>[732]hsa-mir-370 MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  9   GGGTGGAACCT  19
           |||||||||||
Sbjct  56  GGGTGGAACCT  66



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 4213044


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5