BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GTATCTCGGGAAGGAGGTGTCCGGAGCCGCGGACCTAGAGATCCCAGAAGCCACAGCGCAGCGGCCCG

Length=68
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20780]hsa-mir-6744  MI0022589 Homo sapiens miR-6744 stem-loop        25.1    0.18 
[15823]hsa-mir-4751  MI0017390 Homo sapiens miR-4751 stem-loop        25.1    0.18 
[17517]hsa-mir-5100  MI0019116 Homo sapiens miR-5100 stem-loop        21.4    2.4  
[12738]hsa-mir-3197  MI0014245 Homo sapiens miR-3197 stem-loop        21.4    2.4  
[5481]hsa-mir-513c  MI0006649 Homo sapiens miR-513c stem-loop         21.4    2.4  
[5480]hsa-mir-513b  MI0006648 Homo sapiens miR-513b stem-loop         21.4    2.4  
[3353]hsa-mir-572  MI0003579 Homo sapiens miR-572 stem-loop           21.4    2.4  
[438]hsa-mir-125a  MI0000469 Homo sapiens miR-125a stem-loop          21.4    2.4  


>[20780]hsa-mir-6744 MI0022589 Homo sapiens miR-6744 stem-loop
Length=66

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.18
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  32  GACCTAGAGATCC  44
           |||||||||||||
Sbjct  40  GACCTAGAGATCC  28


>[15823]hsa-mir-4751 MI0017390 Homo sapiens miR-4751 stem-loop
Length=74

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.18
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  43  CCCAGAAGCCACA  55
           |||||||||||||
Sbjct  53  CCCAGAAGCCACA  41


>[17517]hsa-mir-5100 MI0019116 Homo sapiens miR-5100 stem-loop
Length=119

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  44  CCAGAAGCCAC  54
           |||||||||||
Sbjct  51  CCAGAAGCCAC  41


>[12738]hsa-mir-3197 MI0014245 Homo sapiens miR-3197 stem-loop
Length=73

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  6   TCGGGAAGGAG  16
           |||||||||||
Sbjct  55  TCGGGAAGGAG  45


>[5481]hsa-mir-513c MI0006649 Homo sapiens miR-513c stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  11  AAGGAGGTGTC  21
           |||||||||||
Sbjct  19  AAGGAGGTGTC  29


>[5480]hsa-mir-513b MI0006648 Homo sapiens miR-513b stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  11  AAGGAGGTGTC  21
           |||||||||||
Sbjct  19  AAGGAGGTGTC  29


>[3353]hsa-mir-572 MI0003579 Homo sapiens miR-572 stem-loop
Length=95

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  57  CGCAGCGGCCC  67
           |||||||||||
Sbjct  38  CGCAGCGGCCC  28


>[438]hsa-mir-125a MI0000469 Homo sapiens miR-125a stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  31  GGACCTAGAGA  41
           |||||||||||
Sbjct  17  GGACCTAGAGA  7



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 6666711


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5