BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGGGGCGGGGCGGCCATTGGGGCTCCTCATTGGGGTGCT

Length=39
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20822]hsa-mir-6786  MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop        27.0    0.024
[12735]hsa-mir-3196  MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop        27.0    0.024
[24070]hsa-mir-8078  MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop        25.1    0.087
[21734]hsa-mir-6089-2  MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop    23.3    0.31 
[21150]hsa-mir-7108  MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop        23.3    0.31 
[18624]hsa-mir-6089-1  MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop    23.3    0.31 
[3427]hsa-mir-639  MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop           23.3    0.31 
[20821]hsa-mir-6785  MI0022630 Homo sapiens miR-6785 stem-loop        21.4    1.1  
[18625]hsa-mir-6090  MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop        21.4    1.1  
[15812]hsa-mir-4741  MI0017379 Homo sapiens miR-4741 stem-loop        21.4    1.1  
[15286]hsa-mir-4488  MI0016849 Homo sapiens miR-4488 stem-loop        21.4    1.1  
[14348]hsa-mir-4285  MI0015891 Homo sapiens miR-4285 stem-loop        21.4    1.1  
[5171]hsa-mir-1237  MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop         21.4    1.1  


>[20822]hsa-mir-6786 MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop
Length=113

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.024
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCGGCC  15
           ||||||||||||||
Sbjct  8   GGGGCGGGGCGGCC  21


>[12735]hsa-mir-3196 MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop
Length=64

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.024
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GGGGGCGGGGCGGC  14
           ||||||||||||||
Sbjct  5   GGGGGCGGGGCGGC  18


>[24070]hsa-mir-8078 MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop
Length=84

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.087
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  1   GGGGGCGGGGCGG  13
           |||||||||||||
Sbjct  14  GGGGGCGGGGCGG  2


>[21734]hsa-mir-6089-2 MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop
Length=64

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.31
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCGG  13
           ||||||||||||
Sbjct  51  GGGGCGGGGCGG  62


>[21150]hsa-mir-7108 MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.31
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  2   GGGGCGGGGCGG  13
           ||||||||||||
Sbjct  55  GGGGCGGGGCGG  44


>[18624]hsa-mir-6089-1 MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop
Length=64

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.31
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCGG  13
           ||||||||||||
Sbjct  51  GGGGCGGGGCGG  62


>[3427]hsa-mir-639 MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop
Length=98

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.31
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCGG  13
           ||||||||||||
Sbjct  28  GGGGCGGGGCGG  39


>[20821]hsa-mir-6785 MI0022630 Homo sapiens miR-6785 stem-loop
Length=81

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.1
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  18  TGGGGCTCCTC  28
           |||||||||||
Sbjct  41  TGGGGCTCCTC  31


>[18625]hsa-mir-6090 MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop
Length=60

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.1
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCG  12
           |||||||||||
Sbjct  50  GGGGCGGGGCG  60


>[15812]hsa-mir-4741 MI0017379 Homo sapiens miR-4741 stem-loop
Length=90

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.1
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  3   GGGCGGGGCGG  13
           |||||||||||
Sbjct  2   GGGCGGGGCGG  12


>[15286]hsa-mir-4488 MI0016849 Homo sapiens miR-4488 stem-loop
Length=62

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.1
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3   GGGCGGGGCGG  13
           |||||||||||
Sbjct  62  GGGCGGGGCGG  52


>[14348]hsa-mir-4285 MI0015891 Homo sapiens miR-4285 stem-loop
Length=85

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.1
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  4   GGCGGGGCGGC  14
           |||||||||||
Sbjct  5   GGCGGGGCGGC  15


>[5171]hsa-mir-1237 MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop
Length=102

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.1
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GGGGGCGGGGC  11
           |||||||||||
Sbjct  51  GGGGGCGGGGC  61



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 3191700


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5