BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGGGGCGGGGCG

Length=12
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[24070]hsa-mir-8078  MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop        23.3    0.040
[12735]hsa-mir-3196  MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop        23.3    0.040
[21734]hsa-mir-6089-2  MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop    21.4    0.15 
[21150]hsa-mir-7108  MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop        21.4    0.15 
[20822]hsa-mir-6786  MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop        21.4    0.15 
[18625]hsa-mir-6090  MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop        21.4    0.15 
[18624]hsa-mir-6089-1  MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop    21.4    0.15 
[5171]hsa-mir-1237  MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop         21.4    0.15 
[3427]hsa-mir-639  MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop           21.4    0.15 


>[24070]hsa-mir-8078 MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop
Length=84

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.040
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  1   GGGGGCGGGGCG  12
           ||||||||||||
Sbjct  14  GGGGGCGGGGCG  3


>[12735]hsa-mir-3196 MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop
Length=64

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.040
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GGGGGCGGGGCG  12
           ||||||||||||
Sbjct  5   GGGGGCGGGGCG  16


>[21734]hsa-mir-6089-2 MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.15
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCG  12
           |||||||||||
Sbjct  51  GGGGCGGGGCG  61


>[21150]hsa-mir-7108 MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop
Length=87

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.15
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  2   GGGGCGGGGCG  12
           |||||||||||
Sbjct  55  GGGGCGGGGCG  45


>[20822]hsa-mir-6786 MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop
Length=113

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.15
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCG  12
           |||||||||||
Sbjct  8   GGGGCGGGGCG  18


>[18625]hsa-mir-6090 MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop
Length=60

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.15
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCG  12
           |||||||||||
Sbjct  50  GGGGCGGGGCG  60


>[18624]hsa-mir-6089-1 MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.15
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCG  12
           |||||||||||
Sbjct  51  GGGGCGGGGCG  61


>[5171]hsa-mir-1237 MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop
Length=102

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.15
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GGGGGCGGGGC  11
           |||||||||||
Sbjct  51  GGGGGCGGGGC  61


>[3427]hsa-mir-639 MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop
Length=98

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.15
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   GGGGCGGGGCG  12
           |||||||||||
Sbjct  28  GGGGCGGGGCG  38



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 411219


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5