BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGGCGAGGGGGACCGAGGCCAGGACTCTCCTTGGGGTTTGGGGGCTT

Length=47
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20892]hsa-mir-6855  MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop        27.0    0.032
[20765]hsa-mir-6729  MI0022574 Homo sapiens miR-6729 stem-loop        23.3    0.41 
[15327]hsa-mir-4523  MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop        21.4    1.5  
[14314]hsa-mir-4258  MI0015857 Homo sapiens miR-4258 stem-loop        21.4    1.5  
[9317]hsa-mir-2110  MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop         21.4    1.5  
[5163]hsa-mir-1229  MI0006319 Homo sapiens miR-1229 stem-loop         21.4    1.5  
[278]hsa-mir-219a-1  MI0000296 Homo sapiens miR-219a-1 stem-loop      21.4    1.5  
[258]hsa-mir-181c  MI0000271 Homo sapiens miR-181c stem-loop          21.4    1.5  


>[20892]hsa-mir-6855 MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop
Length=67

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.032
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  30  CTTGGGGTTTGGGG  43
           ||||||||||||||
Sbjct  5   CTTGGGGTTTGGGG  18


>[20765]hsa-mir-6729 MI0022574 Homo sapiens miR-6729 stem-loop
Length=65

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.41
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  1   GGGCGAGGGGGA  12
           ||||||||||||
Sbjct  59  GGGCGAGGGGGA  48


>[15327]hsa-mir-4523 MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop
Length=69

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  7   GGGGGACCGAG  17
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGGACCGAG  13


>[14314]hsa-mir-4258 MI0015857 Homo sapiens miR-4258 stem-loop
Length=91

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  35  GGTTTGGGGGC  45
           |||||||||||
Sbjct  70  GGTTTGGGGGC  80


>[9317]hsa-mir-2110 MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  33  GGGGTTTGGGG  43
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGTTTGGGG  13


>[5163]hsa-mir-1229 MI0006319 Homo sapiens miR-1229 stem-loop
Length=69

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  34  GGGTTTGGGGG  44
           |||||||||||
Sbjct  8   GGGTTTGGGGG  18


>[278]hsa-mir-219a-1 MI0000296 Homo sapiens miR-219a-1 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  35   GGTTTGGGGGC  45
            |||||||||||
Sbjct  101  GGTTTGGGGGC  91


>[258]hsa-mir-181c MI0000271 Homo sapiens miR-181c stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  34  GGGTTTGGGGG  44
           |||||||||||
Sbjct  16  GGGTTTGGGGG  26



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 4213044


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5