BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGGCCCAGACTCCACTTCCCG

Length=21
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[15733]hsa-mir-4669  MI0017300 Homo sapiens miR-4669 stem-loop        23.3    0.10 
[15028]hsa-mir-3934  MI0016590 Homo sapiens miR-3934 stem-loop        21.4    0.37 


>[15733]hsa-mir-4669 MI0017300 Homo sapiens miR-4669 stem-loop
Length=62

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.10
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  10  CTCCACTTCCCG  21
           ||||||||||||
Sbjct  56  CTCCACTTCCCG  45


>[15028]hsa-mir-3934 MI0016590 Homo sapiens miR-3934 stem-loop
Length=107

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.37
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  10  CTCCACTTCCC  20
           |||||||||||
Sbjct  92  CTCCACTTCCC  82



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 1036392


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5