BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGGCACGCTTCCTGCCTGG

Length=19
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[14879]hsa-mir-3928  MI0016438 Homo sapiens miR-3928 stem-loop        21.4    0.32 
[6074]hsa-mir-1538  MI0007259 Homo sapiens miR-1538 stem-loop         21.4    0.32 
[4420]hsa-mir-874  MI0005532 Homo sapiens miR-874 stem-loop           21.4    0.32 


>[14879]hsa-mir-3928 MI0016438 Homo sapiens miR-3928 stem-loop
Length=58

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  6   CGCTTCCTGCC  16
           |||||||||||
Sbjct  37  CGCTTCCTGCC  27


>[6074]hsa-mir-1538 MI0007259 Homo sapiens miR-1538 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  6   CGCTTCCTGCC  16
           |||||||||||
Sbjct  24  CGCTTCCTGCC  34


>[4420]hsa-mir-874 MI0005532 Homo sapiens miR-874 stem-loop
Length=78

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Plus

Query  6   CGCTTCCTGCC-TGG  19
           ||||||||||| |||
Sbjct  41  CGCTTCCTGCCCTGG  55



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 920010


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5