BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGCTCCGGGCGGCGTGCGCCGCG

Length=23
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[3345]hsa-mir-564  MI0003570 Homo sapiens miR-564 stem-loop           23.3    0.13 


>[3345]hsa-mir-564 MI0003570 Homo sapiens miR-564 stem-loop
Length=94

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.13
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  3   CTCCGGGCGGCG  14
           ||||||||||||
Sbjct  57  CTCCGGGCGGCG  68



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 1295490


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5