BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGCGGGGCGGCCATTGGGGC

Length=20
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20822]hsa-mir-6786  MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop        23.3    0.089
[14348]hsa-mir-4285  MI0015891 Homo sapiens miR-4285 stem-loop        21.4    0.32 
[12735]hsa-mir-3196  MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop        21.4    0.32 


>[20822]hsa-mir-6786 MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop
Length=113

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.089
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GGCGGGGCGGCC  12
           ||||||||||||
Sbjct  10  GGCGGGGCGGCC  21


>[14348]hsa-mir-4285 MI0015891 Homo sapiens miR-4285 stem-loop
Length=85

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GGCGGGGCGGC  11
           |||||||||||
Sbjct  5   GGCGGGGCGGC  15


>[12735]hsa-mir-3196 MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GGCGGGGCGGC  11
           |||||||||||
Sbjct  8   GGCGGGGCGGC  18



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 906843


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5