BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GCTAAAGCGGCTGAACACATTTACTCTCTGGCAGTGTTTAAAAGTATCTGTTTTTCTCATATTGTTTT
ATTTTAA

Length=75
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[15813]hsa-mir-4742  MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop        23.3    0.74 
[452]hsa-mir-186  MI0000483 Homo sapiens miR-186 stem-loop            23.3    0.74 
[16293]hsa-mir-4999  MI0017865 Homo sapiens miR-4999 stem-loop        21.4    2.7  
[15785]hsa-mir-4717  MI0017352 Homo sapiens miR-4717 stem-loop        21.4    2.7  
[15731]hsa-mir-4668  MI0017298 Homo sapiens miR-4668 stem-loop        21.4    2.7  
[3407]hsa-mir-620  MI0003634 Homo sapiens miR-620 stem-loop           21.4    2.7  
[3334]hsa-mir-553  MI0003558 Homo sapiens miR-553 stem-loop           21.4    2.7  


>[15813]hsa-mir-4742 MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop
Length=85

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.74
 Identities = 15/16 (94%), Gaps = 1/16 (6%)
 Strand=Plus/Minus

Query  37  TTT-AAAAGTATCTGT  51
           ||| ||||||||||||
Sbjct  34  TTTAAAAAGTATCTGT  19


>[452]hsa-mir-186 MI0000483 Homo sapiens miR-186 stem-loop
Length=86

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.74
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  64  GTTTTATTTTAA  75
           ||||||||||||
Sbjct  42  GTTTTATTTTAA  53


>[16293]hsa-mir-4999 MI0017865 Homo sapiens miR-4999 stem-loop
Length=91

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.7
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Minus

Query  60  TAT-TGTTTTATTTT  73
           ||| |||||||||||
Sbjct  19  TATGTGTTTTATTTT  5


>[15785]hsa-mir-4717 MI0017352 Homo sapiens miR-4717 stem-loop
Length=72

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  30  GGCAGTGTTTA  40
           |||||||||||
Sbjct  1   GGCAGTGTTTA  11


 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  30  GGCAGTGTTTA  40
           |||||||||||
Sbjct  72  GGCAGTGTTTA  62


>[15731]hsa-mir-4668 MI0017298 Homo sapiens miR-4668 stem-loop
Length=70

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  59  ATATTGTTTTA  69
           |||||||||||
Sbjct  35  ATATTGTTTTA  45


>[3407]hsa-mir-620 MI0003634 Homo sapiens miR-620 stem-loop
Length=95

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  62  TTGTTTTATTT  72
           |||||||||||
Sbjct  87  TTGTTTTATTT  77


>[3334]hsa-mir-553 MI0003558 Homo sapiens miR-553 stem-loop
Length=68

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  65  TTTTATTTTAA  75
           |||||||||||
Sbjct  7   TTTTATTTTAA  17



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 7547220


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5