BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GCGCGGAGGTGGGCGAGGGGGACCGAGGCCAGGACTCTCCTTGGGGTTTGGGG

Length=53
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20892]hsa-mir-6855  MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop        27.0    0.036
[20765]hsa-mir-6729  MI0022574 Homo sapiens miR-6729 stem-loop        23.3    0.47 
[15709]hsa-mir-4649  MI0017276 Homo sapiens miR-4649 stem-loop        21.4    1.7  
[15327]hsa-mir-4523  MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop        21.4    1.7  
[9317]hsa-mir-2110  MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop         21.4    1.7  


>[20892]hsa-mir-6855 MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop
Length=67

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.036
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  40  CTTGGGGTTTGGGG  53
           ||||||||||||||
Sbjct  5   CTTGGGGTTTGGGG  18


>[20765]hsa-mir-6729 MI0022574 Homo sapiens miR-6729 stem-loop
Length=65

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.47
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  8   GGTGGGCGAGGG  19
           ||||||||||||
Sbjct  4   GGTGGGCGAGGG  15


 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.47
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  11  GGGCGAGGGGGA  22
           ||||||||||||
Sbjct  59  GGGCGAGGGGGA  48


>[15709]hsa-mir-4649 MI0017276 Homo sapiens miR-4649 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  10  TGGGCGAGGGG  20
           |||||||||||
Sbjct  3   TGGGCGAGGGG  13


>[15327]hsa-mir-4523 MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop
Length=69

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  17  GGGGGACCGAG  27
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGGACCGAG  13


>[9317]hsa-mir-2110 MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  43  GGGGTTTGGGG  53
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGTTTGGGG  13



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 4779906


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5