BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GCCCAGAGAGGGGAAATGATATGC

Length=24
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[14298]hsa-mir-4311  MI0015841 Homo sapiens miR-4311 stem-loop        25.1    0.039
[20794]hsa-mir-6758  MI0022603 Homo sapiens miR-6758 stem-loop        21.4    0.50 
[20789]hsa-mir-6753  MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop        21.4    0.50 
[12680]hsa-mir-3154  MI0014182 Homo sapiens miR-3154 stem-loop        21.4    0.50 
[757]hsa-mir-330  MI0000803 Homo sapiens miR-330 stem-loop            21.4    0.50 


>[14298]hsa-mir-4311 MI0015841 Homo sapiens miR-4311 stem-loop
Length=100

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.039
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  4   CAGAGAGGGGAAA  16
           |||||||||||||
Sbjct  2   CAGAGAGGGGAAA  14


>[20794]hsa-mir-6758 MI0022603 Homo sapiens miR-6758 stem-loop
Length=63

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.50
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  5   AGAGAGGGGAA  15
           |||||||||||
Sbjct  7   AGAGAGGGGAA  17


>[20789]hsa-mir-6753 MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop
Length=164

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.50
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  5   AGAGAGGGGAA  15
           |||||||||||
Sbjct  37  AGAGAGGGGAA  47


>[12680]hsa-mir-3154 MI0014182 Homo sapiens miR-3154 stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.50
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  4   CAGAGAGGGGA  14
           |||||||||||
Sbjct  72  CAGAGAGGGGA  82


>[757]hsa-mir-330 MI0000803 Homo sapiens miR-330 stem-loop
Length=94

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.50
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  1   GCCCAGAGAGG  11
           |||||||||||
Sbjct  26  GCCCAGAGAGG  16



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 1425039


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5