BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GAAGAGGGTGGGGAAGCAGGGGAGCTGTGCGTGTGTCGGGGCGGGTGGAACCTTAGCGGACCCTGGGA
G

Length=69
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20789]hsa-mir-6753  MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop        25.1    0.19 
[4579]hsa-mir-920  MI0005712 Homo sapiens miR-920 stem-loop           25.1    0.19 
[15329]hsa-mir-4525  MI0016892 Homo sapiens miR-4525 stem-loop        23.3    0.67 
[20822]hsa-mir-6786  MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop        21.4    2.4  
[20800]hsa-mir-6764  MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop        21.4    2.4  
[17514]hsa-mir-3680-2  MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop    21.4    2.4  
[14867]hsa-mir-3150b  MI0016426 Homo sapiens miR-3150b stem-loop      21.4    2.4  
[14533]hsa-mir-3691  MI0016092 Homo sapiens miR-3691 stem-loop        21.4    2.4  
[14522]hsa-mir-3680-1  MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop    21.4    2.4  
[14497]hsa-mir-3653  MI0016053 Homo sapiens miR-3653 stem-loop        21.4    2.4  
[12663]hsa-mir-3141  MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop        21.4    2.4  
[732]hsa-mir-370  MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop            21.4    2.4  
[268]hsa-mir-210  MI0000286 Homo sapiens miR-210 stem-loop            21.4    2.4  


>[20789]hsa-mir-6753 MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop
Length=164

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.19
 Identities = 28/34 (82%), Gaps = 6/34 (18%)
 Strand=Plus/Minus

Query  37   CGG-GGCGGGTGGAACCTT-AGCGGACCCTGGGA  68
            ||| |||||| ||  |||| || |||||||||||
Sbjct  135  CGGTGGCGGG-GG--CCTTCAG-GGACCCTGGGA  106


>[4579]hsa-mir-920 MI0005712 Homo sapiens miR-920 stem-loop
Length=75

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.19
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  17  CAGGGGAGCTGTG  29
           |||||||||||||
Sbjct  49  CAGGGGAGCTGTG  61


>[15329]hsa-mir-4525 MI0016892 Homo sapiens miR-4525 stem-loop
Length=75

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.67
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  5   AGGGTGGGGAAG  16
           ||||||||||||
Sbjct  72  AGGGTGGGGAAG  61


>[20822]hsa-mir-6786 MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop
Length=113

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  17  CAGGGGAGCTG  27
           |||||||||||
Sbjct  44  CAGGGGAGCTG  34


>[20800]hsa-mir-6764 MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  59  GACCCTGGGAG  69
           |||||||||||
Sbjct  15  GACCCTGGGAG  5


>[17514]hsa-mir-3680-2 MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop
Length=87

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  59  GACCCTGGGAG  69
           |||||||||||
Sbjct  58  GACCCTGGGAG  68


>[14867]hsa-mir-3150b MI0016426 Homo sapiens miR-3150b stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  10  GGGGAAGCAGG  20
           |||||||||||
Sbjct  84  GGGGAAGCAGG  74


>[14533]hsa-mir-3691 MI0016092 Homo sapiens miR-3691 stem-loop
Length=90

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  4   GAGGGTGGGGA  14
           |||||||||||
Sbjct  46  GAGGGTGGGGA  56


>[14522]hsa-mir-3680-1 MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop
Length=87

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  59  GACCCTGGGAG  69
           |||||||||||
Sbjct  58  GACCCTGGGAG  68


>[14497]hsa-mir-3653 MI0016053 Homo sapiens miR-3653 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  9    TGGGGAAGCAG  19
            |||||||||||
Sbjct  106  TGGGGAAGCAG  96


>[12663]hsa-mir-3141 MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  39  GGGCGGGTGGA  49
           |||||||||||
Sbjct  12  GGGCGGGTGGA  22


>[732]hsa-mir-370 MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  43  GGGTGGAACCT  53
           |||||||||||
Sbjct  56  GGGTGGAACCT  66


>[268]hsa-mir-210 MI0000286 Homo sapiens miR-210 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  25  CTGTGCGTGTG  35
           |||||||||||
Sbjct  66  CTGTGCGTGTG  76



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 6792498


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5