BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CGGGTAGTGCGACCCTAGGGGCGGGACTTCATGTCCCAGCAGGCTCCGGGCGGCGTGCGCCGCGGTGC
CTAGTGTGGGATGTAAGCGCGGAGGTGGGC

Length=98
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[14854]hsa-mir-3909  MI0016413 Homo sapiens miR-3909 stem-loop        25.1    0.28 
[3345]hsa-mir-564  MI0003570 Homo sapiens miR-564 stem-loop           23.3    1.0  
[16303]hsa-mir-5008  MI0017876 Homo sapiens miR-5008 stem-loop        21.4    3.7  
[14328]hsa-mir-4267  MI0015871 Homo sapiens miR-4267 stem-loop        21.4    3.7  
[14297]hsa-mir-4310  MI0015840 Homo sapiens miR-4310 stem-loop        21.4    3.7  
[3538]hsa-mir-1301  MI0003815 Homo sapiens miR-1301 stem-loop         21.4    3.7  
[3396]hsa-mir-610  MI0003623 Homo sapiens miR-610 stem-loop           21.4    3.7  


>[14854]hsa-mir-3909 MI0016413 Homo sapiens miR-3909 stem-loop
Length=119

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.28
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  38  AGCAGGCTCCGGG  50
           |||||||||||||
Sbjct  32  AGCAGGCTCCGGG  44


>[3345]hsa-mir-564 MI0003570 Homo sapiens miR-564 stem-loop
Length=94

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.0
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  44  CTCCGGGCGGCG  55
           ||||||||||||
Sbjct  57  CTCCGGGCGGCG  68


>[16303]hsa-mir-5008 MI0017876 Homo sapiens miR-5008 stem-loop
Length=94

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  11  GACCCTAGGGG  21
           |||||||||||
Sbjct  18  GACCCTAGGGG  8


>[14328]hsa-mir-4267 MI0015871 Homo sapiens miR-4267 stem-loop
Length=82

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  37  CAGCAGGCTCC  47
           |||||||||||
Sbjct  3   CAGCAGGCTCC  13


>[14297]hsa-mir-4310 MI0015840 Homo sapiens miR-4310 stem-loop
Length=57

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  28  TTCATGTCCCA  38
           |||||||||||
Sbjct  38  TTCATGTCCCA  48


>[3538]hsa-mir-1301 MI0003815 Homo sapiens miR-1301 stem-loop
Length=82

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  62  GCGGTGCCTAG  72
           |||||||||||
Sbjct  29  GCGGTGCCTAG  19


>[3396]hsa-mir-610 MI0003623 Homo sapiens miR-610 stem-loop
Length=96

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.7
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  31  ATGTCCCAGCA  41
           |||||||||||
Sbjct  51  ATGTCCCAGCA  61



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 10440321


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5