BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CGGCTGAACACATTTACTCTCTGGCAGTGTTTAAAAGTATCTGTT

Length=45
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[15813]hsa-mir-4742  MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop        23.3    0.39 
[15785]hsa-mir-4717  MI0017352 Homo sapiens miR-4717 stem-loop        21.4    1.4  


>[15813]hsa-mir-4742 MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop
Length=85

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.39
 Identities = 15/16 (94%), Gaps = 1/16 (6%)
 Strand=Plus/Minus

Query  30  TTT-AAAAGTATCTGT  44
           ||| ||||||||||||
Sbjct  34  TTTAAAAAGTATCTGT  19


>[15785]hsa-mir-4717 MI0017352 Homo sapiens miR-4717 stem-loop
Length=72

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  23  GGCAGTGTTTA  33
           |||||||||||
Sbjct  1   GGCAGTGTTTA  11


 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  23  GGCAGTGTTTA  33
           |||||||||||
Sbjct  72  GGCAGTGTTTA  62



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 3957708


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5