BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CGGAGGTGGGCGAGGGGGACCGAGGCCAGGACTCTCCTTGGGGTTTGGGG

Length=50
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20892]hsa-mir-6855  MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop        27.0    0.033
[20765]hsa-mir-6729  MI0022574 Homo sapiens miR-6729 stem-loop        23.3    0.43 
[15709]hsa-mir-4649  MI0017276 Homo sapiens miR-4649 stem-loop        21.4    1.6  
[15327]hsa-mir-4523  MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop        21.4    1.6  
[9317]hsa-mir-2110  MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop         21.4    1.6  


>[20892]hsa-mir-6855 MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop
Length=67

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.033
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  37  CTTGGGGTTTGGGG  50
           ||||||||||||||
Sbjct  5   CTTGGGGTTTGGGG  18


>[20765]hsa-mir-6729 MI0022574 Homo sapiens miR-6729 stem-loop
Length=65

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.43
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  5   GGTGGGCGAGGG  16
           ||||||||||||
Sbjct  4   GGTGGGCGAGGG  15


 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.43
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  8   GGGCGAGGGGGA  19
           ||||||||||||
Sbjct  59  GGGCGAGGGGGA  48


>[15709]hsa-mir-4649 MI0017276 Homo sapiens miR-4649 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.6
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  7   TGGGCGAGGGG  17
           |||||||||||
Sbjct  3   TGGGCGAGGGG  13


>[15327]hsa-mir-4523 MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop
Length=69

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.6
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  14  GGGGGACCGAG  24
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGGACCGAG  13


>[9317]hsa-mir-2110 MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.6
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  40  GGGGTTTGGGG  50
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGTTTGGGG  13



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 4402545


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5