BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CCGGACTACATTTTCCAGAAGGCACTGCGGGCACGCTTCCTGCCTGGTCGGCCTGAAGGGAAGGGCCA
ATCCCTGAGTATCTCGGGAAGGAGGTGTCCGGAGCCGCGG

Length=108
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[16402]hsa-mir-5088  MI0017977 Homo sapiens miR-5088 stem-loop        23.3    1.1  
[3415]hsa-mir-628  MI0003642 Homo sapiens miR-628 stem-loop           23.3    1.1  
[17694]hsa-mir-5689  MI0019294 Homo sapiens miR-5689 stem-loop        21.4    4.0  
[14879]hsa-mir-3928  MI0016438 Homo sapiens miR-3928 stem-loop        21.4    4.0  
[12738]hsa-mir-3197  MI0014245 Homo sapiens miR-3197 stem-loop        21.4    4.0  
[6074]hsa-mir-1538  MI0007259 Homo sapiens miR-1538 stem-loop         21.4    4.0  
[5481]hsa-mir-513c  MI0006649 Homo sapiens miR-513c stem-loop         21.4    4.0  
[5480]hsa-mir-513b  MI0006648 Homo sapiens miR-513b stem-loop         21.4    4.0  
[5227]hsa-mir-1250  MI0006385 Homo sapiens miR-1250 stem-loop         21.4    4.0  
[5117]hsa-mir-1178  MI0006271 Homo sapiens miR-1178 stem-loop         21.4    4.0  
[4420]hsa-mir-874  MI0005532 Homo sapiens miR-874 stem-loop           21.4    4.0  
[2949]hsa-mir-518e  MI0003169 Homo sapiens miR-518e stem-loop         21.4    4.0  


>[16402]hsa-mir-5088 MI0017977 Homo sapiens miR-5088 stem-loop
Length=79

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.1
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  66  CCAATCCCTGAG  77
           ||||||||||||
Sbjct  22  CCAATCCCTGAG  11


>[3415]hsa-mir-628 MI0003642 Homo sapiens miR-628 stem-loop
Length=95

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.1
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  55  GAAGGGAAGGGC  66
           ||||||||||||
Sbjct  80  GAAGGGAAGGGC  91


>[17694]hsa-mir-5689 MI0019294 Homo sapiens miR-5689 stem-loop
Length=78

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  72  CCTGAGTATCT  82
           |||||||||||
Sbjct  38  CCTGAGTATCT  28


>[14879]hsa-mir-3928 MI0016438 Homo sapiens miR-3928 stem-loop
Length=58

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  34  CGCTTCCTGCC  44
           |||||||||||
Sbjct  37  CGCTTCCTGCC  27


>[12738]hsa-mir-3197 MI0014245 Homo sapiens miR-3197 stem-loop
Length=73

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  82  TCGGGAAGGAG  92
           |||||||||||
Sbjct  55  TCGGGAAGGAG  45


>[6074]hsa-mir-1538 MI0007259 Homo sapiens miR-1538 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  34  CGCTTCCTGCC  44
           |||||||||||
Sbjct  24  CGCTTCCTGCC  34


>[5481]hsa-mir-513c MI0006649 Homo sapiens miR-513c stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  87  AAGGAGGTGTC  97
           |||||||||||
Sbjct  19  AAGGAGGTGTC  29


>[5480]hsa-mir-513b MI0006648 Homo sapiens miR-513b stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  87  AAGGAGGTGTC  97
           |||||||||||
Sbjct  19  AAGGAGGTGTC  29


>[5227]hsa-mir-1250 MI0006385 Homo sapiens miR-1250 stem-loop
Length=113

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  8   ACATTTTCCAG  18
           |||||||||||
Sbjct  63  ACATTTTCCAG  73


>[5117]hsa-mir-1178 MI0006271 Homo sapiens miR-1178 stem-loop
Length=91

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Plus

Query  55  GAAGGGAAGGG-CCA  68
           ||||||||||| |||
Sbjct  17  GAAGGGAAGGGTCCA  31


>[4420]hsa-mir-874 MI0005532 Homo sapiens miR-874 stem-loop
Length=78

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Plus

Query  34  CGCTTCCTGCC-TGG  47
           ||||||||||| |||
Sbjct  41  CGCTTCCTGCCCTGG  55


>[2949]hsa-mir-518e MI0003169 Homo sapiens miR-518e stem-loop
Length=88

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  53  CTGAAGGGAAG  63
           |||||||||||
Sbjct  70  CTGAAGGGAAG  60



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 11399352


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5