BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CCGACCCTCCCTCCC

Length=15
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[3435]hsa-mir-647  MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop           23.3    0.039
[447]hsa-mir-149  MI0000478 Homo sapiens miR-149 stem-loop            23.3    0.039
[23671]hsa-mir-7845  MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop        21.4    0.14 


>[3435]hsa-mir-647 MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop
Length=96

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.039
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3   GACCCTCCCTCC  14
           ||||||||||||
Sbjct  75  GACCCTCCCTCC  64


>[447]hsa-mir-149 MI0000478 Homo sapiens miR-149 stem-loop
Length=89

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.039
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  1   CCGACCCTCCCTCCC  15
           ||| |||||||||||
Sbjct  67  CCGTCCCTCCCTCCC  53


>[23671]hsa-mir-7845 MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop
Length=99

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.14
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  2   CGACCCTCCCT  12
           |||||||||||
Sbjct  20  CGACCCTCCCT  10



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 394290


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5