BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CCCTGGGAGGAGGCTCCCCGGCCGAACCTGCCCGACCCTCCCT

Length=43
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[23671]hsa-mir-7845  MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop        21.4    1.3  
[21153]hsa-mir-7111  MI0022962 Homo sapiens miR-7111 stem-loop        21.4    1.3  
[21148]hsa-mir-7106  MI0022957 Homo sapiens miR-7106 stem-loop        21.4    1.3  
[20799]hsa-mir-6763  MI0022608 Homo sapiens miR-6763 stem-loop        21.4    1.3  
[4446]hsa-mir-877  MI0005561 Homo sapiens miR-877 stem-loop           21.4    1.3  


>[23671]hsa-mir-7845 MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop
Length=99

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.3
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Minus

Query  30  GCC-CGACCCTCCCT  43
           ||| |||||||||||
Sbjct  24  GCCACGACCCTCCCT  10


>[21153]hsa-mir-7111 MI0022962 Homo sapiens miR-7111 stem-loop
Length=72

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3   CTGGGAGGAGG  13
           |||||||||||
Sbjct  72  CTGGGAGGAGG  62


>[21148]hsa-mir-7106 MI0022957 Homo sapiens miR-7106 stem-loop
Length=65

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  3   CTGGGAGGAGG  13
           |||||||||||
Sbjct  5   CTGGGAGGAGG  15


>[20799]hsa-mir-6763 MI0022608 Homo sapiens miR-6763 stem-loop
Length=65

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  13  GCTCCCCGGCC  23
           |||||||||||
Sbjct  44  GCTCCCCGGCC  54


>[4446]hsa-mir-877 MI0005561 Homo sapiens miR-877 stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.3
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3   CTGGGAGGAGG  13
           |||||||||||
Sbjct  86  CTGGGAGGAGG  76



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 3702372


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5