BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CCATGACCCACTTCTTCAAAACCCTCCATGGTTTACAGAACCCTTTTAAGAACTGTAAGCCTTGTGAG
GTTCGGCAGGTGTTATTTTCCTCTTTGCAGTTGGGAAACTGAAGCCCAGAGAGGGGAAATGATATGCC
AAA

Length=139
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[15243]hsa-mir-4460  MI0016806 Homo sapiens miR-4460 stem-loop        25.1    0.42 
[14298]hsa-mir-4311  MI0015841 Homo sapiens miR-4311 stem-loop        25.1    0.42 
[15295]hsa-mir-4496  MI0016858 Homo sapiens miR-4496 stem-loop        23.3    1.5  
[5257]hsa-mir-302e  MI0006417 Homo sapiens miR-302e stem-loop         23.3    1.5  
[761]hsa-mir-323a  MI0000807 Homo sapiens miR-323a stem-loop          23.3    1.5  
[20794]hsa-mir-6758  MI0022603 Homo sapiens miR-6758 stem-loop        21.4    5.4  
[20789]hsa-mir-6753  MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop        21.4    5.4  
[18613]hsa-mir-6078  MI0020355 Homo sapiens miR-6078 stem-loop        21.4    5.4  
[15846]hsa-mir-4771-2  MI0017413 Homo sapiens miR-4771-2 stem-loop    21.4    5.4  
[15845]hsa-mir-4771-1  MI0017412 Homo sapiens miR-4771-1 stem-loop    21.4    5.4  
[12680]hsa-mir-3154  MI0014182 Homo sapiens miR-3154 stem-loop        21.4    5.4  
[757]hsa-mir-330  MI0000803 Homo sapiens miR-330 stem-loop            21.4    5.4  
[407]hsa-mir-15b  MI0000438 Homo sapiens miR-15b stem-loop            21.4    5.4  


>[15243]hsa-mir-4460 MI0016806 Homo sapiens miR-4460 stem-loop
Length=86

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.42
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  87  TCCTCTTTGCAGT  99
           |||||||||||||
Sbjct  35  TCCTCTTTGCAGT  47


>[14298]hsa-mir-4311 MI0015841 Homo sapiens miR-4311 stem-loop
Length=100

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.42
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  115  CAGAGAGGGGAAA  127
            |||||||||||||
Sbjct  2    CAGAGAGGGGAAA  14


>[15295]hsa-mir-4496 MI0016858 Homo sapiens miR-4496 stem-loop
Length=61

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.5
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  102  GGAAACTGAAGC  113
            ||||||||||||
Sbjct  42   GGAAACTGAAGC  53


>[5257]hsa-mir-302e MI0006417 Homo sapiens miR-302e stem-loop
Length=72

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.5
 Identities = 23/28 (82%), Gaps = 1/28 (4%)
 Strand=Plus/Minus

Query  87   TCC-TCTTTGCAGTTGGGAAACTGAAGC  113
            ||| ||||  ||||  ||||||||||||
Sbjct  46   TCCATCTTACCAGTAAGGAAACTGAAGC  19


>[761]hsa-mir-323a MI0000807 Homo sapiens miR-323a stem-loop
Length=86

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.5
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  88  CCTCTTTGCAGT  99
           ||||||||||||
Sbjct  67  CCTCTTTGCAGT  78


>[20794]hsa-mir-6758 MI0022603 Homo sapiens miR-6758 stem-loop
Length=63

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 5.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  116  AGAGAGGGGAA  126
            |||||||||||
Sbjct  7    AGAGAGGGGAA  17


>[20789]hsa-mir-6753 MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop
Length=164

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 5.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  116  AGAGAGGGGAA  126
            |||||||||||
Sbjct  37   AGAGAGGGGAA  47


>[18613]hsa-mir-6078 MI0020355 Homo sapiens miR-6078 stem-loop
Length=100

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 5.4
 Identities = 19/22 (86%), Gaps = 3/22 (14%)
 Strand=Plus/Minus

Query  5   GACCCACTTCT---TCAAAACC  23
           |||||||||||   ||||||||
Sbjct  85  GACCCACTTCTCACTCAAAACC  64


>[15846]hsa-mir-4771-2 MI0017413 Homo sapiens miR-4771-2 stem-loop
Length=74

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 5.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  103  GAAACTGAAGC  113
            |||||||||||
Sbjct  38   GAAACTGAAGC  28


>[15845]hsa-mir-4771-1 MI0017412 Homo sapiens miR-4771-1 stem-loop
Length=74

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 5.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  103  GAAACTGAAGC  113
            |||||||||||
Sbjct  38   GAAACTGAAGC  28


>[12680]hsa-mir-3154 MI0014182 Homo sapiens miR-3154 stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 5.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  115  CAGAGAGGGGA  125
            |||||||||||
Sbjct  72   CAGAGAGGGGA  82


>[757]hsa-mir-330 MI0000803 Homo sapiens miR-330 stem-loop
Length=94

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 5.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  112  GCCCAGAGAGG  122
            |||||||||||
Sbjct  26   GCCCAGAGAGG  16


>[407]hsa-mir-15b MI0000438 Homo sapiens miR-15b stem-loop
Length=98

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 5.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  27  CATGGTTTACA  37
           |||||||||||
Sbjct  31  CATGGTTTACA  41



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 15240438


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5