BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CCAGCAGGCTCCGGGCGGCGTGCGCCGCGGTGCCTAGTGTGGGATGTAAGCGCGGAGGT

Length=59
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[14854]hsa-mir-3909  MI0016413 Homo sapiens miR-3909 stem-loop        25.1    0.15 
[3345]hsa-mir-564  MI0003570 Homo sapiens miR-564 stem-loop           23.3    0.54 
[14328]hsa-mir-4267  MI0015871 Homo sapiens miR-4267 stem-loop        21.4    2.0  
[3538]hsa-mir-1301  MI0003815 Homo sapiens miR-1301 stem-loop         21.4    2.0  


>[14854]hsa-mir-3909 MI0016413 Homo sapiens miR-3909 stem-loop
Length=119

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.15
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  3   AGCAGGCTCCGGG  15
           |||||||||||||
Sbjct  32  AGCAGGCTCCGGG  44


>[3345]hsa-mir-564 MI0003570 Homo sapiens miR-564 stem-loop
Length=94

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.54
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  9   CTCCGGGCGGCG  20
           ||||||||||||
Sbjct  57  CTCCGGGCGGCG  68


>[14328]hsa-mir-4267 MI0015871 Homo sapiens miR-4267 stem-loop
Length=82

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   CAGCAGGCTCC  12
           |||||||||||
Sbjct  3   CAGCAGGCTCC  13


>[3538]hsa-mir-1301 MI0003815 Homo sapiens miR-1301 stem-loop
Length=82

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 2.0
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  27  GCGGTGCCTAG  37
           |||||||||||
Sbjct  29  GCGGTGCCTAG  19



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 5534628


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5