BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CAGTGTTTAAAAGTATCTG

Length=19
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[15813]hsa-mir-4742  MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop        21.4    0.32 


>[15813]hsa-mir-4742 MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop
Length=85

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Minus

Query  6   TTT-AAAAGTATCTG  19
           ||| |||||||||||
Sbjct  34  TTTAAAAAGTATCTG  20



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 920010


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5