BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= AGGGGAGCTGTGCGTGTGTCGGGGCGGGTGGAACCTTAGCGGACCCTGGGAG

Length=52
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20789]hsa-mir-6753  MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop        25.1    0.13 
[4579]hsa-mir-920  MI0005712 Homo sapiens miR-920 stem-loop           23.3    0.46 
[20800]hsa-mir-6764  MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop        21.4    1.6  
[17514]hsa-mir-3680-2  MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop    21.4    1.6  
[14522]hsa-mir-3680-1  MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop    21.4    1.6  
[12663]hsa-mir-3141  MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop        21.4    1.6  
[732]hsa-mir-370  MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop            21.4    1.6  
[268]hsa-mir-210  MI0000286 Homo sapiens miR-210 stem-loop            21.4    1.6  


>[20789]hsa-mir-6753 MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop
Length=164

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.13
 Identities = 28/34 (82%), Gaps = 6/34 (18%)
 Strand=Plus/Minus

Query  20   CGG-GGCGGGTGGAACCTT-AGCGGACCCTGGGA  51
            ||| |||||| ||  |||| || |||||||||||
Sbjct  135  CGGTGGCGGG-GG--CCTTCAG-GGACCCTGGGA  106


>[4579]hsa-mir-920 MI0005712 Homo sapiens miR-920 stem-loop
Length=75

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.46
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   AGGGGAGCTGTG  12
           ||||||||||||
Sbjct  50  AGGGGAGCTGTG  61


>[20800]hsa-mir-6764 MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.6
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  42  GACCCTGGGAG  52
           |||||||||||
Sbjct  15  GACCCTGGGAG  5


>[17514]hsa-mir-3680-2 MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop
Length=87

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.6
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  42  GACCCTGGGAG  52
           |||||||||||
Sbjct  58  GACCCTGGGAG  68


>[14522]hsa-mir-3680-1 MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop
Length=87

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.6
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  42  GACCCTGGGAG  52
           |||||||||||
Sbjct  58  GACCCTGGGAG  68


>[12663]hsa-mir-3141 MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.6
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  22  GGGCGGGTGGA  32
           |||||||||||
Sbjct  12  GGGCGGGTGGA  22


>[732]hsa-mir-370 MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.6
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  26  GGGTGGAACCT  36
           |||||||||||
Sbjct  56  GGGTGGAACCT  66


>[268]hsa-mir-210 MI0000286 Homo sapiens miR-210 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.6
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  8   CTGTGCGTGTG  18
           |||||||||||
Sbjct  66  CTGTGCGTGTG  76



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 4654119


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5