BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= ACCCAGCTAAAGCGGCTGAACACATTTACTCTCTGGCAGTGTTTAAAAGTATCTGTTTTTCTCATATT
GTTTTATTTTAATTTTTTCTGGATCAAGGTGCCCCCGGACTACATTTTCCAGAAGGCACT

Length=128
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[76]hsa-mir-22  MI0000078 Homo sapiens miR-22 stem-loop               25.1    0.38 
[15813]hsa-mir-4742  MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop        23.3    1.4  
[15785]hsa-mir-4717  MI0017352 Homo sapiens miR-4717 stem-loop        21.4    4.9  
[5227]hsa-mir-1250  MI0006385 Homo sapiens miR-1250 stem-loop         21.4    4.9  


>[76]hsa-mir-22 MI0000078 Homo sapiens miR-22 stem-loop
Length=85

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.38
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   ACCCAGCTAAAGC  13
           |||||||||||||
Sbjct  44  ACCCAGCTAAAGC  56


>[15813]hsa-mir-4742 MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop
Length=85

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.4
 Identities = 15/16 (94%), Gaps = 1/16 (6%)
 Strand=Plus/Minus

Query  42  TTT-AAAAGTATCTGt  56
           ||| ||||||||||||
Sbjct  34  TTTAAAAAGTATCTGT  19


>[15785]hsa-mir-4717 MI0017352 Homo sapiens miR-4717 stem-loop
Length=72

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.9
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  35  GGCAGTGTTTA  45
           |||||||||||
Sbjct  1   GGCAGTGTTTA  11


 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.9
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  35  GGCAGTGTTTA  45
           |||||||||||
Sbjct  72  GGCAGTGTTTA  62


>[5227]hsa-mir-1250 MI0006385 Homo sapiens miR-1250 stem-loop
Length=113

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.9
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  110  ACATTTTCCAG  120
            |||||||||||
Sbjct  63   ACATTTTCCAG  73



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 13877472


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5