BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= AAAAGTATCTGTTTTTCTCATATTGTTTTATTTTAATTTTT

Length=41
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[14442]hsa-mir-3606  MI0015996 Homo sapiens miR-3606 stem-loop        25.1    0.094
[15813]hsa-mir-4742  MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop        23.3    0.34 
[452]hsa-mir-186  MI0000483 Homo sapiens miR-186 stem-loop            23.3    0.34 
[16293]hsa-mir-4999  MI0017865 Homo sapiens miR-4999 stem-loop        21.4    1.2  
[15851]hsa-mir-4775  MI0017418 Homo sapiens miR-4775 stem-loop        21.4    1.2  
[15731]hsa-mir-4668  MI0017298 Homo sapiens miR-4668 stem-loop        21.4    1.2  
[14505]hsa-mir-3660  MI0016061 Homo sapiens miR-3660 stem-loop        21.4    1.2  
[5208]hsa-mir-1302-5  MI0006366 Homo sapiens miR-1302-5 stem-loop     21.4    1.2  
[3407]hsa-mir-620  MI0003634 Homo sapiens miR-620 stem-loop           21.4    1.2  
[3351]hsa-mir-570  MI0003577 Homo sapiens miR-570 stem-loop           21.4    1.2  
[3334]hsa-mir-553  MI0003558 Homo sapiens miR-553 stem-loop           21.4    1.2  


>[14442]hsa-mir-3606 MI0015996 Homo sapiens miR-3606 stem-loop
Length=63

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.094
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  29  TATTTTAATTTTT  41
           |||||||||||||
Sbjct  27  TATTTTAATTTTT  39


>[15813]hsa-mir-4742 MI0017380 Homo sapiens miR-4742 stem-loop
Length=85

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.34
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  1   AAAAGTATCTGT  12
           ||||||||||||
Sbjct  30  AAAAGTATCTGT  19


>[452]hsa-mir-186 MI0000483 Homo sapiens miR-186 stem-loop
Length=86

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.34
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  25  GTTTTATTTTAA  36
           ||||||||||||
Sbjct  42  GTTTTATTTTAA  53


>[16293]hsa-mir-4999 MI0017865 Homo sapiens miR-4999 stem-loop
Length=91

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.2
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Minus

Query  21  TAT-TGTTTTATTTT  34
           ||| |||||||||||
Sbjct  19  TATGTGTTTTATTTT  5


>[15851]hsa-mir-4775 MI0017418 Homo sapiens miR-4775 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  31  TTTTAATTTTT  41
           |||||||||||
Sbjct  8   TTTTAATTTTT  18


 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  31  TTTTAATTTTT  41
           |||||||||||
Sbjct  68  TTTTAATTTTT  58


>[15731]hsa-mir-4668 MI0017298 Homo sapiens miR-4668 stem-loop
Length=70

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  20  ATATTGTTTTA  30
           |||||||||||
Sbjct  35  ATATTGTTTTA  45


>[14505]hsa-mir-3660 MI0016061 Homo sapiens miR-3660 stem-loop
Length=100

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  30  ATTTTAATTTT  40
           |||||||||||
Sbjct  27  ATTTTAATTTT  17


>[5208]hsa-mir-1302-5 MI0006366 Homo sapiens miR-1302-5 stem-loop
Length=150

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  30   ATTTTAATTTT  40
            |||||||||||
Sbjct  122  ATTTTAATTTT  132


>[3407]hsa-mir-620 MI0003634 Homo sapiens miR-620 stem-loop
Length=95

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  23  TTGTTTTATTT  33
           |||||||||||
Sbjct  87  TTGTTTTATTT  77


>[3351]hsa-mir-570 MI0003577 Homo sapiens miR-570 stem-loop
Length=97

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  28  TTATTTTAATT  38
           |||||||||||
Sbjct  48  TTATTTTAATT  58


>[3334]hsa-mir-553 MI0003558 Homo sapiens miR-553 stem-loop
Length=68

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  26  TTTTATTTTAA  36
           |||||||||||
Sbjct  7   TTTTATTTTAA  17



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 3447036


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5