BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-mature.fasta
           2,588 sequences; 55,870 total letters



Query= TGGGCGAGGGGGACCGAGGCCAGGACTCTCCTTGGGGTTTGGGGGCTTGACCTGGGTGCGCTTTCTGG
ACAGACTTTACAGCCCCGGGGGCACAGTCGTAGAGAGGGGGCGGGGCGGC

Length=118
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[54556]hsa-miR-6855-5p  MIMAT0027610 Homo sapiens miR-6855-5p         25.1    0.056
[54306]hsa-miR-6729-3p  MIMAT0027360 Homo sapiens miR-6729-3p         23.3    0.20 
[51910]hsa-miR-6089  MIMAT0023714 Homo sapiens miR-6089               23.3    0.20 
[48305]hsa-miR-4649-5p  MIMAT0019711 Homo sapiens miR-4649-5p         21.4    0.72 
[35590]hsa-miR-1237-5p  MIMAT0022946 Homo sapiens miR-1237-5p         21.4    0.72 
[35579]hsa-miR-1229-5p  MIMAT0022942 Homo sapiens miR-1229-5p         21.4    0.72 


>[54556]hsa-miR-6855-5p MIMAT0027610 Homo sapiens miR-6855-5p 
Length=25

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.056
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  32  TTGGGGTTTGGGG  44
           |||||||||||||
Sbjct  1   TTGGGGTTTGGGG  13


>[54306]hsa-miR-6729-3p MIMAT0027360 Homo sapiens miR-6729-3p 
Length=21

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.20
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  2   GGGCGAGGGGGA  13
           ||||||||||||
Sbjct  15  GGGCGAGGGGGA  4


>[51910]hsa-miR-6089 MIMAT0023714 Homo sapiens miR-6089 
Length=24

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.20
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  106  GGGGCGGGGCGG  117
            ||||||||||||
Sbjct  13   GGGGCGGGGCGG  24


>[48305]hsa-miR-4649-5p MIMAT0019711 Homo sapiens miR-4649-5p 
Length=24

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.72
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   TGGGCGAGGGG  11
           |||||||||||
Sbjct  1   TGGGCGAGGGG  11


>[35590]hsa-miR-1237-5p MIMAT0022946 Homo sapiens miR-1237-5p 
Length=21

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.72
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  105  GGGGGCGGGGC  115
            |||||||||||
Sbjct  2    GGGGGCGGGGC  12


>[35579]hsa-miR-1229-5p MIMAT0022942 Homo sapiens miR-1229-5p 
Length=24

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.72
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  35  GGGTTTGGGGG  45
           |||||||||||
Sbjct  8   GGGTTTGGGGG  18



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 2042352


  Database: homo-mature.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 55,870
  Number of sequences in database:  2,588



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5