BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-mature.fasta
           2,588 sequences; 55,870 total letters



Query= GGCGGGACTTCATGTCCCAGCAGGCTCCGGGCGGCGTGCGCCGCGGTGCCTAGTGTGGGATGTAAGCG
CGGAGGTGGGCGAGGGGGAC

Length=88
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[54306]hsa-miR-6729-3p  MIMAT0027360 Homo sapiens miR-6729-3p         23.3    0.16 
[48305]hsa-miR-4649-5p  MIMAT0019711 Homo sapiens miR-4649-5p         21.4    0.59 
[33355]hsa-miR-1301-5p  MIMAT0026639 Homo sapiens miR-1301-5p         21.4    0.59 


>[54306]hsa-miR-6729-3p MIMAT0027360 Homo sapiens miR-6729-3p 
Length=21

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.16
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  76  GGGCGAGGGGGA  87
           ||||||||||||
Sbjct  15  GGGCGAGGGGGA  4


>[48305]hsa-miR-4649-5p MIMAT0019711 Homo sapiens miR-4649-5p 
Length=24

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.59
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  75  TGGGCGAGGGG  85
           |||||||||||
Sbjct  1   TGGGCGAGGGG  11


>[33355]hsa-miR-1301-5p MIMAT0026639 Homo sapiens miR-1301-5p 
Length=19

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.59
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  43  GCGGTGCCTAG  53
           |||||||||||
Sbjct  15  GCGGTGCCTAG  5



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 1666950


  Database: homo-mature.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 55,870
  Number of sequences in database:  2,588



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5