BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-mature.fasta
           2,588 sequences; 55,870 total letters



Query= GAGGCTGAAGAGGGTGGGGAAGCAGGGGAGCTGTGCGTGTGTCGGGGCGGGTGGAACCTTAGCGGACC
CTGGGAGGAGGCTCCCCGGCCGAACCTGCCCGACCCTCCCT

Length=109
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[46811]hsa-miR-3680-3p  MIMAT0018107 Homo sapiens miR-3680-3p         23.3    0.18 
[58143]hsa-miR-7845-5p  MIMAT0030420 Homo sapiens miR-7845-5p         21.4    0.66 
[55066]hsa-miR-7111-3p  MIMAT0028120 Homo sapiens miR-7111-3p         21.4    0.66 
[44424]hsa-miR-3141  MIMAT0015010 Homo sapiens miR-3141               21.4    0.66 
[34762]hsa-miR-920  MIMAT0004970 Homo sapiens miR-920                 21.4    0.66 
[34593]hsa-miR-877-3p  MIMAT0004950 Homo sapiens miR-877-3p           21.4    0.66 
[29900]hsa-miR-370-3p  MIMAT0000722 Homo sapiens miR-370-3p           21.4    0.66 
[29137]hsa-miR-210-3p  MIMAT0000267 Homo sapiens miR-210-3p           21.4    0.66 


>[46811]hsa-miR-3680-3p MIMAT0018107 Homo sapiens miR-3680-3p 
Length=23

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.18
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  65  GACCCTGGGAGGAGG  79
           ||||||||||| |||
Sbjct  9   GACCCTGGGAGTAGG  23


>[58143]hsa-miR-7845-5p MIMAT0030420 Homo sapiens miR-7845-5p 
Length=21

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.66
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  99   CGACCCTCCCT  109
            |||||||||||
Sbjct  18   CGACCCTCCCT  8


>[55066]hsa-miR-7111-3p MIMAT0028120 Homo sapiens miR-7111-3p 
Length=22

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.66
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  69  CTGGGAGGAGG  79
           |||||||||||
Sbjct  22  CTGGGAGGAGG  12


>[44424]hsa-miR-3141 MIMAT0015010 Homo sapiens miR-3141 
Length=19

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.66
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  45  GGGCGGGTGGA  55
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGCGGGTGGA  13


>[34762]hsa-miR-920 MIMAT0004970 Homo sapiens miR-920 
Length=20

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.66
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  25  GGGGAGCTGTG  35
           |||||||||||
Sbjct  1   GGGGAGCTGTG  11


>[34593]hsa-miR-877-3p MIMAT0004950 Homo sapiens miR-877-3p 
Length=21

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.66
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  69  CTGGGAGGAGG  79
           |||||||||||
Sbjct  21  CTGGGAGGAGG  11


>[29900]hsa-miR-370-3p MIMAT0000722 Homo sapiens miR-370-3p 
Length=22

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.66
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  49  GGGTGGAACCT  59
           |||||||||||
Sbjct  9   GGGTGGAACCT  19


>[29137]hsa-miR-210-3p MIMAT0000267 Homo sapiens miR-210-3p 
Length=22

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.66
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  31  CTGTGCGTGTG  41
           |||||||||||
Sbjct  1   CTGTGCGTGTG  11



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 1865610


  Database: homo-mature.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 55,870
  Number of sequences in database:  2,588



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5