BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= TGCCCGACCCTCCCTCCCC

Length=19
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[3435]hsa-mir-647  MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop           27.0    0.007
[447]hsa-mir-149  MI0000478 Homo sapiens miR-149 stem-loop            25.1    0.025
[23671]hsa-mir-7845  MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop        21.4    0.32 
[20811]hsa-mir-6775  MI0022620 Homo sapiens miR-6775 stem-loop        21.4    0.32 
[15843]hsa-mir-4769  MI0017410 Homo sapiens miR-4769 stem-loop        21.4    0.32 


>[3435]hsa-mir-647 MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop
Length=96

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.007
 Identities = 16/17 (94%), Gaps = 0/17 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  1   TGCCCGACCCTCCCTCC  17
           |||| ||||||||||||
Sbjct  80  TGCCTGACCCTCCCTCC  64


>[447]hsa-mir-149 MI0000478 Homo sapiens miR-149 stem-loop
Length=89

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.025
 Identities = 15/16 (94%), Gaps = 0/16 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3   CCCGACCCTCCCTCCC  18
           |||| |||||||||||
Sbjct  68  CCCGTCCCTCCCTCCC  53


>[23671]hsa-mir-7845 MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop
Length=99

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Minus

Query  2   GCC-CGACCCTCCCT  15
           ||| |||||||||||
Sbjct  24  GCCACGACCCTCCCT  10


>[20811]hsa-mir-6775 MI0022620 Homo sapiens miR-6775 stem-loop
Length=69

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  9   CCTCCCTCCCC  19
           |||||||||||
Sbjct  26  CCTCCCTCCCC  16


>[15843]hsa-mir-4769 MI0017410 Homo sapiens miR-4769 stem-loop
Length=77

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.32
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  9   CCTCCCTCCCC  19
           |||||||||||
Sbjct  56  CCTCCCTCCCC  66



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 920010


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5