BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= TATTTTAATTTTTTCTGG

Length=18
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[14442]hsa-mir-3606  MI0015996 Homo sapiens miR-3606 stem-loop        27.0    0.006
[15851]hsa-mir-4775  MI0017418 Homo sapiens miR-4775 stem-loop        23.3    0.077
[14505]hsa-mir-3660  MI0016061 Homo sapiens miR-3660 stem-loop        21.4    0.28 
[5208]hsa-mir-1302-5  MI0006366 Homo sapiens miR-1302-5 stem-loop     21.4    0.28 


>[14442]hsa-mir-3606 MI0015996 Homo sapiens miR-3606 stem-loop
Length=63

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.006
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   TATTTTAATTTTTT  14
           ||||||||||||||
Sbjct  27  TATTTTAATTTTTT  40


>[15851]hsa-mir-4775 MI0017418 Homo sapiens miR-4775 stem-loop
Length=75

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.077
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  3   TTTTAATTTTTT  14
           ||||||||||||
Sbjct  8   TTTTAATTTTTT  19


 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.077
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3   TTTTAATTTTTT  14
           ||||||||||||
Sbjct  68  TTTTAATTTTTT  57


>[14505]hsa-mir-3660 MI0016061 Homo sapiens miR-3660 stem-loop
Length=100

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.28
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  2   ATTTTAATTTT  12
           |||||||||||
Sbjct  27  ATTTTAATTTT  17


>[5208]hsa-mir-1302-5 MI0006366 Homo sapiens miR-1302-5 stem-loop
Length=150

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.28
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2    ATTTTAATTTT  12
            |||||||||||
Sbjct  122  ATTTTAATTTT  132



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 788580


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5