BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GTGTTATTTTCCTCTTTGCAGTTGGGAAACTGAAG

Length=35
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[15243]hsa-mir-4460  MI0016806 Homo sapiens miR-4460 stem-loop        25.1    0.073
[761]hsa-mir-323a  MI0000807 Homo sapiens miR-323a stem-loop          23.3    0.26 
[15295]hsa-mir-4496  MI0016858 Homo sapiens miR-4496 stem-loop        21.4    0.95 
[5257]hsa-mir-302e  MI0006417 Homo sapiens miR-302e stem-loop         21.4    0.95 


>[15243]hsa-mir-4460 MI0016806 Homo sapiens miR-4460 stem-loop
Length=86

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.073
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  10  TCCTCTTTGCAGT  22
           |||||||||||||
Sbjct  35  TCCTCTTTGCAGT  47


>[761]hsa-mir-323a MI0000807 Homo sapiens miR-323a stem-loop
Length=86

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.26
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  11  CCTCTTTGCAGT  22
           ||||||||||||
Sbjct  67  CCTCTTTGCAGT  78


>[15295]hsa-mir-4496 MI0016858 Homo sapiens miR-4496 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.95
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  25  GGAAACTGAAG  35
           |||||||||||
Sbjct  42  GGAAACTGAAG  52


>[5257]hsa-mir-302e MI0006417 Homo sapiens miR-302e stem-loop
Length=72

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.95
 Identities = 22/27 (81%), Gaps = 1/27 (4%)
 Strand=Plus/Minus

Query  10  TCC-TCTTTGCAGTTGGGAAACTGAAG  35
           ||| ||||  ||||  |||||||||||
Sbjct  46  TCCATCTTACCAGTAAGGAAACTGAAG  20



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 2681028


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5