BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GTGGGCGAGGGGGACCGAGGCCAGGACTCTCCTTGGGGTTTGGGGGCTTGACCTGGGTGCGCTTTCTG
GACAGACTTTACAGCCCCGGGGGCACAGTCGTAGAGAGGGGGCGGGGC

Length=116
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[20892]hsa-mir-6855  MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop        27.0    0.094
[24070]hsa-mir-8078  MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop        25.1    0.34 
[23677]hsa-mir-7851  MI0025521 Homo sapiens miR-7851 stem-loop        23.3    1.2  
[20765]hsa-mir-6729  MI0022574 Homo sapiens miR-6729 stem-loop        23.3    1.2  
[15709]hsa-mir-4649  MI0017276 Homo sapiens miR-4649 stem-loop        21.4    4.4  
[15327]hsa-mir-4523  MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop        21.4    4.4  
[14506]hsa-mir-3661  MI0016062 Homo sapiens miR-3661 stem-loop        21.4    4.4  
[14360]hsa-mir-500b  MI0015903 Homo sapiens miR-500b stem-loop        21.4    4.4  
[14314]hsa-mir-4258  MI0015857 Homo sapiens miR-4258 stem-loop        21.4    4.4  
[12735]hsa-mir-3196  MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop        21.4    4.4  
[9317]hsa-mir-2110  MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop         21.4    4.4  
[5171]hsa-mir-1237  MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop         21.4    4.4  
[5163]hsa-mir-1229  MI0006319 Homo sapiens miR-1229 stem-loop         21.4    4.4  
[4581]hsa-mir-922  MI0005714 Homo sapiens miR-922 stem-loop           21.4    4.4  
[2966]hsa-mir-502  MI0003186 Homo sapiens miR-502 stem-loop           21.4    4.4  
[2964]hsa-mir-500a  MI0003184 Homo sapiens miR-500a stem-loop         21.4    4.4  
[278]hsa-mir-219a-1  MI0000296 Homo sapiens miR-219a-1 stem-loop      21.4    4.4  
[258]hsa-mir-181c  MI0000271 Homo sapiens miR-181c stem-loop          21.4    4.4  


>[20892]hsa-mir-6855 MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop
Length=67

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.094
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  32  CTTGGGGTTTGGGG  45
           ||||||||||||||
Sbjct  5   CTTGGGGTTTGGGG  18


>[24070]hsa-mir-8078 MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop
Length=84

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.34
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  104  GAGGGGGCGGGGC  116
            |||||||||||||
Sbjct  16   GAGGGGGCGGGGC  4


>[23677]hsa-mir-7851 MI0025521 Homo sapiens miR-7851 stem-loop
Length=160

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  104  GAGGGGGCGGGG  115
            ||||||||||||
Sbjct  28   GAGGGGGCGGGG  17


>[20765]hsa-mir-6729 MI0022574 Homo sapiens miR-6729 stem-loop
Length=65

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3   GGGCGAGGGGGA  14
           ||||||||||||
Sbjct  59  GGGCGAGGGGGA  48


 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GTGGGCGAGGG  11
           |||||||||||
Sbjct  5   GTGGGCGAGGG  15


>[15709]hsa-mir-4649 MI0017276 Homo sapiens miR-4649 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  2   TGGGCGAGGGG  12
           |||||||||||
Sbjct  3   TGGGCGAGGGG  13


>[15327]hsa-mir-4523 MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop
Length=69

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  9   GGGGGACCGAG  19
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGGACCGAG  13


>[14506]hsa-mir-3661 MI0016062 Homo sapiens miR-3661 stem-loop
Length=96

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  47  CTTGACCTGGG  57
           |||||||||||
Sbjct  19  CTTGACCTGGG  29


>[14360]hsa-mir-500b MI0015903 Homo sapiens miR-500b stem-loop
Length=79

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  100  TAGAGAGGGGG  110
            |||||||||||
Sbjct  11   TAGAGAGGGGG  1


>[14314]hsa-mir-4258 MI0015857 Homo sapiens miR-4258 stem-loop
Length=91

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  37  GGTTTGGGGGC  47
           |||||||||||
Sbjct  70  GGTTTGGGGGC  80


>[12735]hsa-mir-3196 MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  106  GGGGGCGGGGC  116
            |||||||||||
Sbjct  5    GGGGGCGGGGC  15


>[9317]hsa-mir-2110 MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  35  GGGGTTTGGGG  45
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGTTTGGGG  13


>[5171]hsa-mir-1237 MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop
Length=102

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  106  GGGGGCGGGGC  116
            |||||||||||
Sbjct  51   GGGGGCGGGGC  61


>[5163]hsa-mir-1229 MI0006319 Homo sapiens miR-1229 stem-loop
Length=69

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  36  GGGTTTGGGGG  46
           |||||||||||
Sbjct  8   GGGTTTGGGGG  18


>[4581]hsa-mir-922 MI0005714 Homo sapiens miR-922 stem-loop
Length=81

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  88  GGGGCACAGTC  98
           |||||||||||
Sbjct  48  GGGGCACAGTC  38


>[2966]hsa-mir-502 MI0003186 Homo sapiens miR-502 stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  100  TAGAGAGGGGG  110
            |||||||||||
Sbjct  15   TAGAGAGGGGG  5


>[2964]hsa-mir-500a MI0003184 Homo sapiens miR-500a stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  100  TAGAGAGGGGG  110
            |||||||||||
Sbjct  14   TAGAGAGGGGG  4


>[278]hsa-mir-219a-1 MI0000296 Homo sapiens miR-219a-1 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  37   GGTTTGGGGGC  47
            |||||||||||
Sbjct  101  GGTTTGGGGGC  91


>[258]hsa-mir-181c MI0000271 Homo sapiens miR-181c stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.4
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  36  GGGTTTGGGGG  46
           |||||||||||
Sbjct  16  GGGTTTGGGGG  26



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 12390600


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5