BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGTGGGGAAGCAGGGGAGCTGTGCGTGTGTCGGGGCGGGTGGAACCTTAGCGGACCCTGGGAGGAGGC
TCCCCGGCCGAACCTGCCCGACCCTCCCTCCCCCG

Length=103
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[3435]hsa-mir-647  MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop           30.7    0.006
[20789]hsa-mir-6753  MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop        25.1    0.29 
[4579]hsa-mir-920  MI0005712 Homo sapiens miR-920 stem-loop           25.1    0.29 
[447]hsa-mir-149  MI0000478 Homo sapiens miR-149 stem-loop            25.1    0.29 
[20811]hsa-mir-6775  MI0022620 Homo sapiens miR-6775 stem-loop        23.3    1.1  
[17514]hsa-mir-3680-2  MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop    23.3    1.1  
[14522]hsa-mir-3680-1  MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop    23.3    1.1  
[23671]hsa-mir-7845  MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop        21.4    3.8  
[21153]hsa-mir-7111  MI0022962 Homo sapiens miR-7111 stem-loop        21.4    3.8  
[21148]hsa-mir-7106  MI0022957 Homo sapiens miR-7106 stem-loop        21.4    3.8  
[20822]hsa-mir-6786  MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop        21.4    3.8  
[20800]hsa-mir-6764  MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop        21.4    3.8  
[20799]hsa-mir-6763  MI0022608 Homo sapiens miR-6763 stem-loop        21.4    3.8  
[15843]hsa-mir-4769  MI0017410 Homo sapiens miR-4769 stem-loop        21.4    3.8  
[14867]hsa-mir-3150b  MI0016426 Homo sapiens miR-3150b stem-loop      21.4    3.8  
[14497]hsa-mir-3653  MI0016053 Homo sapiens miR-3653 stem-loop        21.4    3.8  
[12663]hsa-mir-3141  MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop        21.4    3.8  
[4446]hsa-mir-877  MI0005561 Homo sapiens miR-877 stem-loop           21.4    3.8  
[732]hsa-mir-370  MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop            21.4    3.8  
[268]hsa-mir-210  MI0000286 Homo sapiens miR-210 stem-loop            21.4    3.8  


>[3435]hsa-mir-647 MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop
Length=96

 Score = 30.7 bits (16),  Expect = 0.006
 Identities = 18/19 (95%), Gaps = 0/19 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  81  CCTGCCCGACCCTCCCTCC  99
           |||||| ||||||||||||
Sbjct  82  CCTGCCTGACCCTCCCTCC  64


>[20789]hsa-mir-6753 MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop
Length=164

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.29
 Identities = 28/34 (82%), Gaps = 6/34 (18%)
 Strand=Plus/Minus

Query  31   CGG-GGCGGGTGGAACCTT-AGCGGACCCTGGGA  62
            ||| |||||| ||  |||| || |||||||||||
Sbjct  135  CGGTGGCGGG-GG--CCTTCAG-GGACCCTGGGA  106


>[4579]hsa-mir-920 MI0005712 Homo sapiens miR-920 stem-loop
Length=75

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.29
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  11  CAGGGGAGCTGTG  23
           |||||||||||||
Sbjct  49  CAGGGGAGCTGTG  61


>[447]hsa-mir-149 MI0000478 Homo sapiens miR-149 stem-loop
Length=89

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.29
 Identities = 15/16 (94%), Gaps = 0/16 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  85  CCCGACCCTCCCTCCC  100
           |||| |||||||||||
Sbjct  68  CCCGTCCCTCCCTCCC  53


>[20811]hsa-mir-6775 MI0022620 Homo sapiens miR-6775 stem-loop
Length=69

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.1
 Identities = 19/22 (86%), Gaps = 1/22 (5%)
 Strand=Plus/Minus

Query  81   CCTGCCCGACCCTCCCTCCCCC  102
            |||| || | ||||||||||||
Sbjct  35   CCTGTCC-AGCCTCCCTCCCCC  15


>[17514]hsa-mir-3680-2 MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.1
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  53  GACCCTGGGAGGAGG  67
           ||||||||||| |||
Sbjct  58  GACCCTGGGAGTAGG  72


>[14522]hsa-mir-3680-1 MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.1
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  53  GACCCTGGGAGGAGG  67
           ||||||||||| |||
Sbjct  58  GACCCTGGGAGTAGG  72


>[23671]hsa-mir-7845 MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop
Length=99

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Minus

Query  84  GCC-CGACCCTCCCT  97
           ||| |||||||||||
Sbjct  24  GCCACGACCCTCCCT  10


>[21153]hsa-mir-7111 MI0022962 Homo sapiens miR-7111 stem-loop
Length=72

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  57  CTGGGAGGAGG  67
           |||||||||||
Sbjct  72  CTGGGAGGAGG  62


>[21148]hsa-mir-7106 MI0022957 Homo sapiens miR-7106 stem-loop
Length=65

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  57  CTGGGAGGAGG  67
           |||||||||||
Sbjct  5   CTGGGAGGAGG  15


>[20822]hsa-mir-6786 MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop
Length=113

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  11  CAGGGGAGCTG  21
           |||||||||||
Sbjct  44  CAGGGGAGCTG  34


>[20800]hsa-mir-6764 MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  53  GACCCTGGGAG  63
           |||||||||||
Sbjct  15  GACCCTGGGAG  5


>[20799]hsa-mir-6763 MI0022608 Homo sapiens miR-6763 stem-loop
Length=65

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  67  GCTCCCCGGCC  77
           |||||||||||
Sbjct  44  GCTCCCCGGCC  54


>[15843]hsa-mir-4769 MI0017410 Homo sapiens miR-4769 stem-loop
Length=77

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  91   CCTCCCTCCCC  101
            |||||||||||
Sbjct  56   CCTCCCTCCCC  66


>[14867]hsa-mir-3150b MI0016426 Homo sapiens miR-3150b stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  4   GGGGAAGCAGG  14
           |||||||||||
Sbjct  84  GGGGAAGCAGG  74


>[14497]hsa-mir-3653 MI0016053 Homo sapiens miR-3653 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3    TGGGGAAGCAG  13
            |||||||||||
Sbjct  106  TGGGGAAGCAG  96


>[12663]hsa-mir-3141 MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  33  GGGCGGGTGGA  43
           |||||||||||
Sbjct  12  GGGCGGGTGGA  22


>[4446]hsa-mir-877 MI0005561 Homo sapiens miR-877 stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  57  CTGGGAGGAGG  67
           |||||||||||
Sbjct  86  CTGGGAGGAGG  76


>[732]hsa-mir-370 MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  37  GGGTGGAACCT  47
           |||||||||||
Sbjct  56  GGGTGGAACCT  66


>[268]hsa-mir-210 MI0000286 Homo sapiens miR-210 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 3.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  19  CTGTGCGTGTG  29
           |||||||||||
Sbjct  66  CTGTGCGTGTG  76



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 10779822


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5