BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGCCAATCCCTGAGTATCTCGGGAAGGAGGTGTCCGGAGCCGCGGACCTAGAGAT

Length=55
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[16402]hsa-mir-5088  MI0017977 Homo sapiens miR-5088 stem-loop        23.3    0.49 
[20780]hsa-mir-6744  MI0022589 Homo sapiens miR-6744 stem-loop        21.4    1.8  
[17694]hsa-mir-5689  MI0019294 Homo sapiens miR-5689 stem-loop        21.4    1.8  
[12738]hsa-mir-3197  MI0014245 Homo sapiens miR-3197 stem-loop        21.4    1.8  
[5481]hsa-mir-513c  MI0006649 Homo sapiens miR-513c stem-loop         21.4    1.8  
[5480]hsa-mir-513b  MI0006648 Homo sapiens miR-513b stem-loop         21.4    1.8  
[438]hsa-mir-125a  MI0000469 Homo sapiens miR-125a stem-loop          21.4    1.8  


>[16402]hsa-mir-5088 MI0017977 Homo sapiens miR-5088 stem-loop
Length=79

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.49
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  3   CCAATCCCTGAG  14
           ||||||||||||
Sbjct  22  CCAATCCCTGAG  11


>[20780]hsa-mir-6744 MI0022589 Homo sapiens miR-6744 stem-loop
Length=66

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  45  GACCTAGAGAT  55
           |||||||||||
Sbjct  40  GACCTAGAGAT  30


>[17694]hsa-mir-5689 MI0019294 Homo sapiens miR-5689 stem-loop
Length=78

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  9   CCTGAGTATCT  19
           |||||||||||
Sbjct  38  CCTGAGTATCT  28


>[12738]hsa-mir-3197 MI0014245 Homo sapiens miR-3197 stem-loop
Length=73

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  19  TCGGGAAGGAG  29
           |||||||||||
Sbjct  55  TCGGGAAGGAG  45


>[5481]hsa-mir-513c MI0006649 Homo sapiens miR-513c stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  24  AAGGAGGTGTC  34
           |||||||||||
Sbjct  19  AAGGAGGTGTC  29


>[5480]hsa-mir-513b MI0006648 Homo sapiens miR-513b stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  24  AAGGAGGTGTC  34
           |||||||||||
Sbjct  19  AAGGAGGTGTC  29


>[438]hsa-mir-125a MI0000469 Homo sapiens miR-125a stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 1.8
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  44  GGACCTAGAGA  54
           |||||||||||
Sbjct  17  GGACCTAGAGA  7



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 5031480


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5