BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GGAGGCTCCCCGGCCGAACCTGCCCGACCCTCCCTC

Length=36
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[3435]hsa-mir-647  MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop           28.8    0.006
[23671]hsa-mir-7845  MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop        21.4    0.99 
[20799]hsa-mir-6763  MI0022608 Homo sapiens miR-6763 stem-loop        21.4    0.99 


>[3435]hsa-mir-647 MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop
Length=96

 Score = 28.8 bits (15),  Expect = 0.006
 Identities = 17/18 (94%), Gaps = 0/18 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  19  CCTGCCCGACCCTCCCTC  36
           |||||| |||||||||||
Sbjct  82  CCTGCCTGACCCTCCCTC  65


>[23671]hsa-mir-7845 MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop
Length=99

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.99
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Minus

Query  22  GCC-CGACCCTCCCT  35
           ||| |||||||||||
Sbjct  24  GCCACGACCCTCCCT  10


>[20799]hsa-mir-6763 MI0022608 Homo sapiens miR-6763 stem-loop
Length=65

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.99
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  5   GCTCCCCGGCC  15
           |||||||||||
Sbjct  44  GCTCCCCGGCC  54



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 2808696


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5