BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GCAGAGGCTGAAGAGGGTGGGGAAGCAGGGGAGCTGTGCGTGTGTCGGGGCGGGTGGAACCTTAGCGG
ACCCTGGGAGGAGGCTCCCCGGCCGAACCTGCCCGACCCTCCCTCCCCCG

Length=118
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[3435]hsa-mir-647  MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop           30.7    0.007
[20789]hsa-mir-6753  MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop        25.1    0.34 
[4579]hsa-mir-920  MI0005712 Homo sapiens miR-920 stem-loop           25.1    0.34 
[447]hsa-mir-149  MI0000478 Homo sapiens miR-149 stem-loop            25.1    0.34 
[20922]hsa-mir-6884  MI0022731 Homo sapiens miR-6884 stem-loop        23.3    1.2  
[20811]hsa-mir-6775  MI0022620 Homo sapiens miR-6775 stem-loop        23.3    1.2  
[17514]hsa-mir-3680-2  MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop    23.3    1.2  
[15329]hsa-mir-4525  MI0016892 Homo sapiens miR-4525 stem-loop        23.3    1.2  
[14522]hsa-mir-3680-1  MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop    23.3    1.2  
[23671]hsa-mir-7845  MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop        21.4    4.5  
[21153]hsa-mir-7111  MI0022962 Homo sapiens miR-7111 stem-loop        21.4    4.5  
[21148]hsa-mir-7106  MI0022957 Homo sapiens miR-7106 stem-loop        21.4    4.5  
[20915]hsa-mir-6877  MI0022724 Homo sapiens miR-6877 stem-loop        21.4    4.5  
[20822]hsa-mir-6786  MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop        21.4    4.5  
[20800]hsa-mir-6764  MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop        21.4    4.5  
[20799]hsa-mir-6763  MI0022608 Homo sapiens miR-6763 stem-loop        21.4    4.5  
[16298]hsa-mir-5004  MI0017870 Homo sapiens miR-5004 stem-loop        21.4    4.5  
[15843]hsa-mir-4769  MI0017410 Homo sapiens miR-4769 stem-loop        21.4    4.5  
[14867]hsa-mir-3150b  MI0016426 Homo sapiens miR-3150b stem-loop      21.4    4.5  
[14533]hsa-mir-3691  MI0016092 Homo sapiens miR-3691 stem-loop        21.4    4.5  
[14497]hsa-mir-3653  MI0016053 Homo sapiens miR-3653 stem-loop        21.4    4.5  
[12663]hsa-mir-3141  MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop        21.4    4.5  
[4446]hsa-mir-877  MI0005561 Homo sapiens miR-877 stem-loop           21.4    4.5  
[732]hsa-mir-370  MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop            21.4    4.5  
[268]hsa-mir-210  MI0000286 Homo sapiens miR-210 stem-loop            21.4    4.5  


>[3435]hsa-mir-647 MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop
Length=96

 Score = 30.7 bits (16),  Expect = 0.007
 Identities = 18/19 (95%), Gaps = 0/19 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  96   CCTGCCCGACCCTCCCTCC  114
            |||||| ||||||||||||
Sbjct  82   CCTGCCTGACCCTCCCTCC  64


>[20789]hsa-mir-6753 MI0022598 Homo sapiens miR-6753 stem-loop
Length=164

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.34
 Identities = 28/34 (82%), Gaps = 6/34 (18%)
 Strand=Plus/Minus

Query  46   CGG-GGCGGGTGGAACCTT-AGCGGACCCTGGGA  77
            ||| |||||| ||  |||| || |||||||||||
Sbjct  135  CGGTGGCGGG-GG--CCTTCAG-GGACCCTGGGA  106


>[4579]hsa-mir-920 MI0005712 Homo sapiens miR-920 stem-loop
Length=75

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.34
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  26  CAGGGGAGCTGTG  38
           |||||||||||||
Sbjct  49  CAGGGGAGCTGTG  61


>[447]hsa-mir-149 MI0000478 Homo sapiens miR-149 stem-loop
Length=89

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.34
 Identities = 15/16 (94%), Gaps = 0/16 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  100  CCCGACCCTCCCTCCC  115
            |||| |||||||||||
Sbjct  68   CCCGTCCCTCCCTCCC  53


>[20922]hsa-mir-6884 MI0022731 Homo sapiens miR-6884 stem-loop
Length=78

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 17/19 (89%), Gaps = 1/19 (5%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GCAGAGGCTGAAGAGGGTG  19
           ||||||||||| || ||||
Sbjct  4   GCAGAGGCTGA-GAAGGTG  21


>[20811]hsa-mir-6775 MI0022620 Homo sapiens miR-6775 stem-loop
Length=69

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 19/22 (86%), Gaps = 1/22 (5%)
 Strand=Plus/Minus

Query  96   CCTGCCCGACCCTCCCTCCCCC  117
            |||| || | ||||||||||||
Sbjct  35   CCTGTCC-AGCCTCCCTCCCCC  15


>[17514]hsa-mir-3680-2 MI0019113 Homo sapiens miR-3680-2 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  68  GACCCTGGGAGGAGG  82
           ||||||||||| |||
Sbjct  58  GACCCTGGGAGTAGG  72


>[15329]hsa-mir-4525 MI0016892 Homo sapiens miR-4525 stem-loop
Length=75

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  14  AGGGTGGGGAAG  25
           ||||||||||||
Sbjct  72  AGGGTGGGGAAG  61


>[14522]hsa-mir-3680-1 MI0016081 Homo sapiens miR-3680-1 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  68  GACCCTGGGAGGAGG  82
           ||||||||||| |||
Sbjct  58  GACCCTGGGAGTAGG  72


>[23671]hsa-mir-7845 MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop
Length=99

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Minus

Query  99   GCC-CGACCCTCCCT  112
            ||| |||||||||||
Sbjct  24   GCCACGACCCTCCCT  10


>[21153]hsa-mir-7111 MI0022962 Homo sapiens miR-7111 stem-loop
Length=72

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  72  CTGGGAGGAGG  82
           |||||||||||
Sbjct  72  CTGGGAGGAGG  62


>[21148]hsa-mir-7106 MI0022957 Homo sapiens miR-7106 stem-loop
Length=65

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  72  CTGGGAGGAGG  82
           |||||||||||
Sbjct  5   CTGGGAGGAGG  15


>[20915]hsa-mir-6877 MI0022724 Homo sapiens miR-6877 stem-loop
Length=64

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  1   GCAGAGGCTGA  11
           |||||||||||
Sbjct  49  GCAGAGGCTGA  39


>[20822]hsa-mir-6786 MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop
Length=113

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  26  CAGGGGAGCTG  36
           |||||||||||
Sbjct  44  CAGGGGAGCTG  34


>[20800]hsa-mir-6764 MI0022609 Homo sapiens miR-6764 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  68  GACCCTGGGAG  78
           |||||||||||
Sbjct  15  GACCCTGGGAG  5


>[20799]hsa-mir-6763 MI0022608 Homo sapiens miR-6763 stem-loop
Length=65

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  82  GCTCCCCGGCC  92
           |||||||||||
Sbjct  44  GCTCCCCGGCC  54


>[16298]hsa-mir-5004 MI0017870 Homo sapiens miR-5004 stem-loop
Length=107

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1   GCAGAGGCTGA  11
           |||||||||||
Sbjct  54  GCAGAGGCTGA  64


>[15843]hsa-mir-4769 MI0017410 Homo sapiens miR-4769 stem-loop
Length=77

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  106  CCTCCCTCCCC  116
            |||||||||||
Sbjct  56   CCTCCCTCCCC  66


>[14867]hsa-mir-3150b MI0016426 Homo sapiens miR-3150b stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  19  GGGGAAGCAGG  29
           |||||||||||
Sbjct  84  GGGGAAGCAGG  74


>[14533]hsa-mir-3691 MI0016092 Homo sapiens miR-3691 stem-loop
Length=90

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  13  GAGGGTGGGGA  23
           |||||||||||
Sbjct  46  GAGGGTGGGGA  56


>[14497]hsa-mir-3653 MI0016053 Homo sapiens miR-3653 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  18   TGGGGAAGCAG  28
            |||||||||||
Sbjct  106  TGGGGAAGCAG  96


>[12663]hsa-mir-3141 MI0014165 Homo sapiens miR-3141 stem-loop
Length=61

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  48  GGGCGGGTGGA  58
           |||||||||||
Sbjct  12  GGGCGGGTGGA  22


>[4446]hsa-mir-877 MI0005561 Homo sapiens miR-877 stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  72  CTGGGAGGAGG  82
           |||||||||||
Sbjct  86  CTGGGAGGAGG  76


>[732]hsa-mir-370 MI0000778 Homo sapiens miR-370 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  52  GGGTGGAACCT  62
           |||||||||||
Sbjct  56  GGGTGGAACCT  66


>[268]hsa-mir-210 MI0000286 Homo sapiens miR-210 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.5
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  34  CTGTGCGTGTG  44
           |||||||||||
Sbjct  66  CTGTGCGTGTG  76



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 12638412


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5