BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GCACAGTCGTAGAGAGGGGGCGGGGCGG

Length=28
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[24070]hsa-mir-8078  MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop        28.8    0.004
[12735]hsa-mir-3196  MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop        25.1    0.053
[23677]hsa-mir-7851  MI0025521 Homo sapiens miR-7851 stem-loop        23.3    0.19 
[21734]hsa-mir-6089-2  MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop    23.3    0.19 
[21150]hsa-mir-7108  MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop        23.3    0.19 
[20822]hsa-mir-6786  MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop        23.3    0.19 
[18624]hsa-mir-6089-1  MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop    23.3    0.19 
[3427]hsa-mir-639  MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop           23.3    0.19 
[18625]hsa-mir-6090  MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop        21.4    0.69 
[15812]hsa-mir-4741  MI0017379 Homo sapiens miR-4741 stem-loop        21.4    0.69 
[15286]hsa-mir-4488  MI0016849 Homo sapiens miR-4488 stem-loop        21.4    0.69 
[14360]hsa-mir-500b  MI0015903 Homo sapiens miR-500b stem-loop        21.4    0.69 
[5171]hsa-mir-1237  MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop         21.4    0.69 
[2966]hsa-mir-502  MI0003186 Homo sapiens miR-502 stem-loop           21.4    0.69 
[2964]hsa-mir-500a  MI0003184 Homo sapiens miR-500a stem-loop         21.4    0.69 


>[24070]hsa-mir-8078 MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop
Length=84

 Score = 28.8 bits (15),  Expect = 0.004
 Identities = 15/15 (100%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  14  GAGGGGGCGGGGCGG  28
           |||||||||||||||
Sbjct  16  GAGGGGGCGGGGCGG  2


>[12735]hsa-mir-3196 MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop
Length=64

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.053
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  16  GGGGGCGGGGCGG  28
           |||||||||||||
Sbjct  5   GGGGGCGGGGCGG  17


>[23677]hsa-mir-7851 MI0025521 Homo sapiens miR-7851 stem-loop
Length=160

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.19
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  14  GAGGGGGCGGGG  25
           ||||||||||||
Sbjct  28  GAGGGGGCGGGG  17


>[21734]hsa-mir-6089-2 MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop
Length=64

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.19
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  17  GGGGCGGGGCGG  28
           ||||||||||||
Sbjct  51  GGGGCGGGGCGG  62


>[21150]hsa-mir-7108 MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.19
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  17  GGGGCGGGGCGG  28
           ||||||||||||
Sbjct  55  GGGGCGGGGCGG  44


>[20822]hsa-mir-6786 MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop
Length=113

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.19
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  17  GGGGCGGGGCGG  28
           ||||||||||||
Sbjct  8   GGGGCGGGGCGG  19


>[18624]hsa-mir-6089-1 MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop
Length=64

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.19
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  17  GGGGCGGGGCGG  28
           ||||||||||||
Sbjct  51  GGGGCGGGGCGG  62


>[3427]hsa-mir-639 MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop
Length=98

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 0.19
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  17  GGGGCGGGGCGG  28
           ||||||||||||
Sbjct  28  GGGGCGGGGCGG  39


>[18625]hsa-mir-6090 MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop
Length=60

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.69
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  17  GGGGCGGGGCG  27
           |||||||||||
Sbjct  50  GGGGCGGGGCG  60


>[15812]hsa-mir-4741 MI0017379 Homo sapiens miR-4741 stem-loop
Length=90

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.69
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  18  GGGCGGGGCGG  28
           |||||||||||
Sbjct  2   GGGCGGGGCGG  12


>[15286]hsa-mir-4488 MI0016849 Homo sapiens miR-4488 stem-loop
Length=62

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.69
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  18  GGGCGGGGCGG  28
           |||||||||||
Sbjct  62  GGGCGGGGCGG  52


>[14360]hsa-mir-500b MI0015903 Homo sapiens miR-500b stem-loop
Length=79

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.69
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  10  TAGAGAGGGGG  20
           |||||||||||
Sbjct  11  TAGAGAGGGGG  1


>[5171]hsa-mir-1237 MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop
Length=102

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.69
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  16  GGGGGCGGGGC  26
           |||||||||||
Sbjct  51  GGGGGCGGGGC  61


>[2966]hsa-mir-502 MI0003186 Homo sapiens miR-502 stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.69
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  10  TAGAGAGGGGG  20
           |||||||||||
Sbjct  15  TAGAGAGGGGG  5


>[2964]hsa-mir-500a MI0003184 Homo sapiens miR-500a stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.69
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  10  TAGAGAGGGGG  20
           |||||||||||
Sbjct  14  TAGAGAGGGGG  4



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 1943235


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5