BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= GAGGGGGACCGAGGCCAGGACTCTCCTTGGGGTTTGGGGGCTTGACCTGGGTGCGCTTTCTGGACAGA
CTTTACAGCCCCGGGGGCACAGTCGTAGAGAGGGGGCGGGGCGGC

Length=113
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[24070]hsa-mir-8078  MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop        28.8    0.025
[20892]hsa-mir-6855  MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop        27.0    0.091
[12735]hsa-mir-3196  MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop        27.0    0.091
[23677]hsa-mir-7851  MI0025521 Homo sapiens miR-7851 stem-loop        25.1    0.33 
[20822]hsa-mir-6786  MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop        25.1    0.33 
[21734]hsa-mir-6089-2  MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop    23.3    1.2  
[21150]hsa-mir-7108  MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop        23.3    1.2  
[18624]hsa-mir-6089-1  MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop    23.3    1.2  
[3427]hsa-mir-639  MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop           23.3    1.2  
[18625]hsa-mir-6090  MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop        21.4    4.2  
[15812]hsa-mir-4741  MI0017379 Homo sapiens miR-4741 stem-loop        21.4    4.2  
[15327]hsa-mir-4523  MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop        21.4    4.2  
[15286]hsa-mir-4488  MI0016849 Homo sapiens miR-4488 stem-loop        21.4    4.2  
[14506]hsa-mir-3661  MI0016062 Homo sapiens miR-3661 stem-loop        21.4    4.2  
[14360]hsa-mir-500b  MI0015903 Homo sapiens miR-500b stem-loop        21.4    4.2  
[14348]hsa-mir-4285  MI0015891 Homo sapiens miR-4285 stem-loop        21.4    4.2  
[14314]hsa-mir-4258  MI0015857 Homo sapiens miR-4258 stem-loop        21.4    4.2  
[9317]hsa-mir-2110  MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop         21.4    4.2  
[5171]hsa-mir-1237  MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop         21.4    4.2  
[5163]hsa-mir-1229  MI0006319 Homo sapiens miR-1229 stem-loop         21.4    4.2  
[4581]hsa-mir-922  MI0005714 Homo sapiens miR-922 stem-loop           21.4    4.2  
[2966]hsa-mir-502  MI0003186 Homo sapiens miR-502 stem-loop           21.4    4.2  
[2964]hsa-mir-500a  MI0003184 Homo sapiens miR-500a stem-loop         21.4    4.2  
[278]hsa-mir-219a-1  MI0000296 Homo sapiens miR-219a-1 stem-loop      21.4    4.2  
[258]hsa-mir-181c  MI0000271 Homo sapiens miR-181c stem-loop          21.4    4.2  


>[24070]hsa-mir-8078 MI0025914 Homo sapiens miR-8078 stem-loop
Length=84

 Score = 28.8 bits (15),  Expect = 0.025
 Identities = 15/15 (100%), Gaps = 0/15 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  98   GAGGGGGCGGGGCGG  112
            |||||||||||||||
Sbjct  16   GAGGGGGCGGGGCGG  2


>[20892]hsa-mir-6855 MI0022701 Homo sapiens miR-6855 stem-loop
Length=67

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.091
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  26  CTTGGGGTTTGGGG  39
           ||||||||||||||
Sbjct  5   CTTGGGGTTTGGGG  18


>[12735]hsa-mir-3196 MI0014241 Homo sapiens miR-3196 stem-loop
Length=64

 Score = 27.0 bits (14),  Expect = 0.091
 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  100  GGGGGCGGGGCGGC  113
            ||||||||||||||
Sbjct  5    GGGGGCGGGGCGGC  18


>[23677]hsa-mir-7851 MI0025521 Homo sapiens miR-7851 stem-loop
Length=160

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.33
 Identities = 15/16 (94%), Gaps = 0/16 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  98   GAGGGGGCGGGGCGGC  113
            |||||||||||| |||
Sbjct  28   GAGGGGGCGGGGAGGC  13


>[20822]hsa-mir-6786 MI0022631 Homo sapiens miR-6786 stem-loop
Length=113

 Score = 25.1 bits (13),  Expect = 0.33
 Identities = 13/13 (100%), Gaps = 0/13 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  101  GGGGCGGGGCGGC  113
            |||||||||||||
Sbjct  8    GGGGCGGGGCGGC  20


>[21734]hsa-mir-6089-2 MI0023563 Homo sapiens miR-6089-2 stem-loop
Length=64

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  101  GGGGCGGGGCGG  112
            ||||||||||||
Sbjct  51   GGGGCGGGGCGG  62


>[21150]hsa-mir-7108 MI0022959 Homo sapiens miR-7108 stem-loop
Length=87

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  101  GGGGCGGGGCGG  112
            ||||||||||||
Sbjct  55   GGGGCGGGGCGG  44


>[18624]hsa-mir-6089-1 MI0020366 Homo sapiens miR-6089-1 stem-loop
Length=64

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  101  GGGGCGGGGCGG  112
            ||||||||||||
Sbjct  51   GGGGCGGGGCGG  62


>[3427]hsa-mir-639 MI0003654 Homo sapiens miR-639 stem-loop
Length=98

 Score = 23.3 bits (12),  Expect = 1.2
 Identities = 12/12 (100%), Gaps = 0/12 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  101  GGGGCGGGGCGG  112
            ||||||||||||
Sbjct  28   GGGGCGGGGCGG  39


>[18625]hsa-mir-6090 MI0020367 Homo sapiens miR-6090 stem-loop
Length=60

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  101  GGGGCGGGGCG  111
            |||||||||||
Sbjct  50   GGGGCGGGGCG  60


>[15812]hsa-mir-4741 MI0017379 Homo sapiens miR-4741 stem-loop
Length=90

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  102  GGGCGGGGCGG  112
            |||||||||||
Sbjct  2    GGGCGGGGCGG  12


>[15327]hsa-mir-4523 MI0016890 Homo sapiens miR-4523 stem-loop
Length=69

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  3   GGGGGACCGAG  13
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGGACCGAG  13


>[15286]hsa-mir-4488 MI0016849 Homo sapiens miR-4488 stem-loop
Length=62

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  102  GGGCGGGGCGG  112
            |||||||||||
Sbjct  62   GGGCGGGGCGG  52


>[14506]hsa-mir-3661 MI0016062 Homo sapiens miR-3661 stem-loop
Length=96

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  41  CTTGACCTGGG  51
           |||||||||||
Sbjct  19  CTTGACCTGGG  29


>[14360]hsa-mir-500b MI0015903 Homo sapiens miR-500b stem-loop
Length=79

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  94   TAGAGAGGGGG  104
            |||||||||||
Sbjct  11   TAGAGAGGGGG  1


>[14348]hsa-mir-4285 MI0015891 Homo sapiens miR-4285 stem-loop
Length=85

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  103  GGCGGGGCGGC  113
            |||||||||||
Sbjct  5    GGCGGGGCGGC  15


>[14314]hsa-mir-4258 MI0015857 Homo sapiens miR-4258 stem-loop
Length=91

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  31  GGTTTGGGGGC  41
           |||||||||||
Sbjct  70  GGTTTGGGGGC  80


>[9317]hsa-mir-2110 MI0010629 Homo sapiens miR-2110 stem-loop
Length=75

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  29  GGGGTTTGGGG  39
           |||||||||||
Sbjct  3   GGGGTTTGGGG  13


>[5171]hsa-mir-1237 MI0006327 Homo sapiens miR-1237 stem-loop
Length=102

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  100  GGGGGCGGGGC  110
            |||||||||||
Sbjct  51   GGGGGCGGGGC  61


>[5163]hsa-mir-1229 MI0006319 Homo sapiens miR-1229 stem-loop
Length=69

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  30  GGGTTTGGGGG  40
           |||||||||||
Sbjct  8   GGGTTTGGGGG  18


>[4581]hsa-mir-922 MI0005714 Homo sapiens miR-922 stem-loop
Length=81

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  82  GGGGCACAGTC  92
           |||||||||||
Sbjct  48  GGGGCACAGTC  38


>[2966]hsa-mir-502 MI0003186 Homo sapiens miR-502 stem-loop
Length=86

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  94   TAGAGAGGGGG  104
            |||||||||||
Sbjct  15   TAGAGAGGGGG  5


>[2964]hsa-mir-500a MI0003184 Homo sapiens miR-500a stem-loop
Length=84

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  94   TAGAGAGGGGG  104
            |||||||||||
Sbjct  14   TAGAGAGGGGG  4


>[278]hsa-mir-219a-1 MI0000296 Homo sapiens miR-219a-1 stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  31   GGTTTGGGGGC  41
            |||||||||||
Sbjct  101  GGTTTGGGGGC  91


>[258]hsa-mir-181c MI0000271 Homo sapiens miR-181c stem-loop
Length=110

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 4.2
 Identities = 11/11 (100%), Gaps = 0/11 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  30  GGGTTTGGGGG  40
           |||||||||||
Sbjct  16  GGGTTTGGGGG  26



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 12018882


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5