BLASTN 2.3.0+


Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb
Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.



Database: homo-hairpin.fasta
           1,881 sequences; 154,002 total letters



Query= CCGAACCTGCCCGACCCTCCCTC

Length=23
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

[3435]hsa-mir-647  MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop           28.8    0.003
[23671]hsa-mir-7845  MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop        21.4    0.46 


>[3435]hsa-mir-647 MI0003662 Homo sapiens miR-647 stem-loop
Length=96

 Score = 28.8 bits (15),  Expect = 0.003
 Identities = 17/18 (94%), Gaps = 0/18 (0%)
 Strand=Plus/Minus

Query  6   CCTGCCCGACCCTCCCTC  23
           |||||| |||||||||||
Sbjct  82  CCTGCCTGACCCTCCCTC  65


>[23671]hsa-mir-7845 MI0025515 Homo sapiens miR-7845 stem-loop
Length=99

 Score = 21.4 bits (11),  Expect = 0.46
 Identities = 14/15 (93%), Gaps = 1/15 (7%)
 Strand=Plus/Minus

Query  9   GCC-CGACCCTCCCT  22
           ||| |||||||||||
Sbjct  24  GCCACGACCCTCCCT  10



Lambda      K        H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda      K        H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 1295490


  Database: homo-hairpin.fasta
    Posted date:  Sep 23, 2016  6:16 PM
  Number of letters in database: 154,002
  Number of sequences in database:  1,881



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5